2012 var Germanotta och hennes dotter Lady Gaga med och grundade Born This Way Foundation, en ideell organisation med fokus på att inspirera ungdomar, stoppa mobbning och bygga upp samhällen. Senare samma år tilldelades stiftelsen Family Online Safety Institute’s Award for Outstanding Achievement. Under Germanottas ledning fick stiftelsen också utmärkelsen National Association of School Psychologists’ Special Friend to Children Award 2013 och Anti-Defamation League’s No Place for Hate Making a Difference Award 2015. Germanotta hedrades av Boston PFLAG och av Dancing Classrooms för sitt engagemang för ungdomars psykiska hälsa.
Germanotta är förespråkare för Women’s Council on Heart Health för Ronald O. Perelman Heart Institute och sitter i styrelsen för Empowerment Initiative vid University of Nebraska-Lincoln. Hon har också suttit i Ladies Auxiliary Committee of The Columbus Citizens Foundation, för vilken hon fick Humanitarian Award 2015. Sedan 2016 är hon medlem i styrelsen för Parsons School of Design.
Den 10 juni 2018 talade Germanotta inför FN:s generalförsamling för Born This Way Foundation och lanserade initiativet United for Global Mental Health. Den 20 maj 2019 meddelade FN:s Världshälsoorganisation att Germanotta skulle bli en av fyra nya goodwillambassadörer, som ambassadör för psykisk hälsa.