Em 2012, Germanotta e sua filha, Lady Gaga, co-fundaram a Born This Way Foundation, uma organização sem fins lucrativos focada em inspirar a juventude, acabar com o bullying e construir comunidades. Mais tarde naquele ano, a fundação recebeu o Prêmio Family Online Safety Institute for Outstanding Achievement. Sob a liderança da Germanotta, a fundação também recebeu em 2013 o Prêmio da Associação Nacional de Psicólogos Escolares Amigos da Criança e o Prêmio No Place for Hate Making a Difference da Liga Anti-Defamation em 2015. Germanotta foi homenageada pela PFLAG de Boston e pela Dancing Classrooms por sua defesa da saúde mental dos jovens.
Germanotta é advogada do Women’s Council on Heart Health do Instituto do Coração Ronald O. Perelman e faz parte da diretoria da Empowerment Initiative da Universidade de Nebraska-Lincoln. Ela também serviu no Comitê Auxiliar de Senhoras da The Columbus Citizens Foundation, pelo qual recebeu o Prêmio Humanitário em 2015. A partir de 2016, ela atua como membro do Conselho de Governadores da Parsons School of Design.
Em 10 de junho de 2018, Germanotta dirigiu-se à Assembléia Geral das Nações Unidas em nome da Born This Way Foundation e lançou a iniciativa United for Global Mental Health. Em 20 de maio de 2019, a Organização Mundial da Saúde das Nações Unidas anunciou que Germanotta seria um dos quatro novos Embaixadores da Boa Vontade, como embaixador para a saúde mental.