In 2012 was Germanotta samen met haar dochter, Lady Gaga, medeoprichter van de Born This Way Foundation, een non-profitorganisatie die zich richt op het inspireren van jongeren, het beëindigen van pesten en het opbouwen van gemeenschappen. Later dat jaar werd de stichting bekroond met de Family Online Safety Institute’s Award for Outstanding Achievement. Onder Germanotta’s leiding ontving de stichting ook de National Association of School Psychologists’ Special Friend to Children Award in 2013 en de Anti-Defamation League’s No Place for Hate Making a Difference Award in 2015. Germanotta werd geëerd door Boston PFLAG en door Dancing Classrooms voor haar pleitbezorging met betrekking tot de geestelijke gezondheid van jongeren.
Germanotta is een pleitbezorger voor de Women’s Council on Heart Health voor het Ronald O. Perelman Heart Institute en zit in het bestuur van het Empowerment Initiative aan de Universiteit van Nebraska-Lincoln. Ze zat ook in het Ladies Auxiliary Committee van The Columbus Citizens Foundation, waarvoor ze in 2015 de Humanitarian Award ontving. Vanaf 2016 is ze lid van de Board of Governors voor de Parsons School of Design.
Op 10 juni 2018 sprak Germanotta de Algemene Vergadering van de Verenigde Naties toe namens de Born This Way Foundation en lanceerde ze het United for Global Mental Health-initiatief. Op 20 mei 2019 kondigde de Wereldgezondheidsorganisatie van de Verenigde Naties aan dat Germanotta een van de vier nieuwe Goodwill-ambassadeurs zou zijn, als ambassadeur voor geestelijke gezondheid.