En 2012, Germanotta y su hija, Lady Gaga, cofundaron la Fundación Born This Way, una organización sin ánimo de lucro centrada en inspirar a los jóvenes, acabar con el acoso y construir comunidades. Ese mismo año, la fundación fue galardonada con el Premio al Logro Sobresaliente del Instituto de Seguridad Familiar en Línea. Bajo el liderazgo de Germanotta, la fundación también recibió el Premio Especial Amigo de los Niños de la Asociación Nacional de Psicólogos Escolares en 2013 y el Premio No Place for Hate Making a Difference de la Liga Antidifamación en 2015. Germanotta fue galardonada por Boston PFLAG y por Dancing Classrooms por su defensa de la salud mental de los jóvenes.
Germanotta es defensora del Consejo de Mujeres sobre la Salud del Corazón del Instituto del Corazón Ronald O. Perelman y forma parte de la junta de la Iniciativa de Empoderamiento de la Universidad de Nebraska-Lincoln. También forma parte del Comité de Damas Auxiliares de la Fundación de Ciudadanos de Columbus, por la que recibió el Premio Humanitario en 2015. Desde 2016, es miembro del Consejo de Administración de la Parsons School of Design.
El 10 de junio de 2018, Germanotta se dirigió a la Asamblea General de las Naciones Unidas en nombre de la Fundación Born This Way y lanzó la iniciativa United for Global Mental Health. El 20 de mayo de 2019, la Organización Mundial de la Salud de las Naciones Unidas anunció que Germanotta sería una de las cuatro nuevas embajadoras de buena voluntad, como embajadora de la salud mental.