2012-ben Germanotta és lánya, Lady Gaga közösen alapították meg a Born This Way Foundationt, egy nonprofit szervezetet, amely a fiatalok inspirálására, a zaklatás megszüntetésére és a közösségek építésére összpontosít. Még abban az évben az alapítvány elnyerte a Family Online Safety Institute kiemelkedő teljesítményért járó díját. Germanotta vezetése alatt az alapítvány 2013-ban megkapta az Iskolapszichológusok Országos Szövetségének a gyermekek különleges barátja díját, 2015-ben pedig a Rágalmazásellenes Liga No Place for Hate Making a Difference díját. Germanottát a bostoni PFLAG és a Dancing Classrooms kitüntette a fiatalok mentális egészségével kapcsolatos érdekérvényesítéséért.
Germanotta a Ronald O. Perelman Szívintézet Női Szívegészségügyi Tanácsának szószólója, és tagja a Nebraska-Lincoln Egyetem Empowerment Initiative nevű kezdeményezésének. A Columbus Citizens Foundation női segítő bizottságának is tagja volt, amiért 2015-ben megkapta a Humanitárius Díjat. 2016-tól a Parsons School of Design igazgatótanácsának tagja.
2018. június 10-én Germanotta a Born This Way Alapítvány nevében felszólalt az ENSZ Közgyűlésében, és elindította az Együtt a globális mentális egészségért kezdeményezést. 2019. május 20-án az ENSZ Egészségügyi Világszervezete bejelentette, hogy Germanotta lesz a négy új jószolgálati nagykövet egyike, mint a mentális egészség nagykövete.