I 2012 var Germanotta og hendes datter, Lady Gaga, medstiftere af Born This Way Foundation, en nonprofitorganisation, der fokuserer på at inspirere unge, stoppe mobning og opbygge fællesskaber. Senere samme år blev fonden tildelt Family Online Safety Institute’s Award for Outstanding Achievement (pris for fremragende resultater). Under Germanottas ledelse modtog fonden også National Association of School Psychologists’ Special Friend to Children Award i 2013 og Anti-Defamation League’s No Place for Hate Making a Difference Award i 2015. Germanotta blev hædret af Boston PFLAG og af Dancing Classrooms for sin indsats for unges mentale sundhed.
Germanotta er fortaler for Women’s Council on Heart Health for Ronald O. Perelman Heart Institute og er medlem af bestyrelsen for Empowerment Initiative ved University of Nebraska-Lincoln. Hun har også været medlem af Ladies Auxiliary Committee of The Columbus Citizens Foundation, som hun modtog Humanitarian Award for i 2015. Fra 2016 er hun medlem af bestyrelsen for Parsons School of Design.
Den 10. juni 2018 talte Germanotta til FN’s Generalforsamling på vegne af Born This Way Foundation og lancerede initiativet United for Global Mental Health. Den 20. maj 2019 meddelte FN’s Verdenssundhedsorganisation, at Germanotta ville blive en af fire nye goodwill-ambassadører, som ambassadør for mental sundhed.