Nel 2012, Germanotta e sua figlia, Lady Gaga, hanno co-fondato la Born This Way Foundation, un’organizzazione no-profit focalizzata sull’ispirare i giovani, porre fine al bullismo e costruire comunità. Più tardi quell’anno, la fondazione è stata premiata con il Family Online Safety Institute’s Award for Outstanding Achievement. Sotto la guida di Germanotta, la fondazione ha anche ricevuto il National Association of School Psychologists’ Special Friend to Children Award nel 2013 e l’Anti-Defamation League’s No Place for Hate Making a Difference Award nel 2015. Germanotta è stata premiata dal PFLAG di Boston e da Dancing Classrooms per il suo impegno a favore della salute mentale dei giovani.
Germanotta è una sostenitrice del Women’s Council on Heart Health del Ronald O. Perelman Heart Institute e fa parte del consiglio dell’Empowerment Initiative dell’Università del Nebraska-Lincoln. È stata anche membro del Ladies Auxiliary Committee della Columbus Citizens Foundation, per la quale ha ricevuto il premio umanitario nel 2015. Dal 2016, è membro del consiglio di amministrazione della Parsons School of Design.
Il 10 giugno 2018, Germanotta si è rivolta all’Assemblea Generale delle Nazioni Unite a nome della Born This Way Foundation e ha lanciato l’iniziativa United for Global Mental Health. Il 20 maggio 2019, l’Organizzazione mondiale della sanità delle Nazioni Unite ha annunciato che Germanotta sarebbe stato uno dei quattro nuovi Ambasciatori di buona volontà, come ambasciatore per la salute mentale.