Vuonna 2012 Germanotta ja hänen tyttärensä Lady Gaga perustivat yhdessä Born This Way Foundation -säätiön, joka on voittoa tavoittelematon järjestö, joka keskittyy nuorten innostamiseen, kiusaamisen lopettamiseen ja yhteisöjen rakentamiseen. Myöhemmin samana vuonna säätiölle myönnettiin Family Online Safety Instituten palkinto erinomaisista saavutuksista. Germanottan johdolla säätiö sai myös National Association of School Psychologists’ Special Friend to Children -palkinnon vuonna 2013 ja Anti-Defamation League’s No Place for Hate Making a Difference -palkinnon vuonna 2015. Boston PFLAG ja Dancing Classrooms palkitsivat Germanottan nuorten mielenterveyden edistämisestä.
Germanotta on Ronald O. Perelman Heart Instituten Women’s Council on Heart Health -järjestön puolestapuhuja ja toimii Nebraska-Lincolnin yliopiston Empowerment Initiative -järjestön johtokunnassa. Hän toimi myös The Columbus Citizens Foundationin Ladies Auxiliary -komiteassa, josta hän sai humanitaarisen palkinnon vuonna 2015. Vuodesta 2016 lähtien hän toimii Parsons School of Designin johtokunnan jäsenenä.
10. kesäkuuta 2018 Germanotta puhui Yhdistyneiden kansakuntien yleiskokouksessa Born This Way -säätiön puolesta ja käynnisti United for Global Mental Health -aloitteen. 20. toukokuuta 2019 YK:n Maailman terveysjärjestö ilmoitti, että Germanotta olisi yksi neljästä uudesta hyvän tahdon lähettiläästä, mielenterveyden lähettiläänä.