En 2012, Germanotta et sa fille, Lady Gaga, ont cofondé la Born This Way Foundation, une organisation à but non lucratif axée sur l’inspiration des jeunes, la fin de l’intimidation et le renforcement des communautés. Plus tard dans l’année, la fondation a reçu le prix de l’Institut pour la sécurité en ligne des familles pour ses réalisations exceptionnelles. Sous la direction de Mme Germanotta, la fondation a également reçu le Special Friend to Children Award de la National Association of School Psychologists en 2013 et le No Place for Hate Making a Difference Award de l’Anti-Defamation League en 2015. Germanotta a été honorée par Boston PFLAG et par Dancing Classrooms pour son plaidoyer concernant la santé mentale des jeunes.
Germanotta est une avocate du Women’s Council on Heart Health pour le Ronald O. Perelman Heart Institute et siège au conseil d’administration de l’Empowerment Initiative à l’Université de Nebraska-Lincoln. Elle a également fait partie du comité des dames auxiliaires de la Columbus Citizens Foundation, pour laquelle elle a reçu le prix humanitaire en 2015. Depuis 2016, elle est membre du conseil des gouverneurs de la Parsons School of Design.
Le 10 juin 2018, Germanotta s’est adressée à l’Assemblée générale des Nations unies au nom de la Fondation Born This Way et a lancé l’initiative United for Global Mental Health. Le 20 mai 2019, l’Organisation mondiale de la santé des Nations unies a annoncé que Germanotta serait l’une des quatre nouvelles ambassadrices de bonne volonté, en tant qu’ambassadrice de la santé mentale.