W drodze na swoje nowe stanowisko wykonał kurtuazyjną rozmowę z gen. dyw. Henrym W. Halleckiem w St. Louis, który zlecił jego usługi w celu przeprowadzenia audytu dokumentacji finansowej jego bezpośredniego poprzednika, gen. dyw. Johna C. Frémonta, którego administracja Departamentem Missouri była skażona zarzutami o rozrzutne wydatki i oszustwa, które pozostawiły status 12 milionów dolarów pod znakiem zapytania.
Sheridan uporządkował bałagan, imponując przy okazji Halleckowi. Ku przerażeniu Sheridana, wizja Hallecka dla Sheridana polegała na kontynuowaniu roli oficera sztabowego. W grudniu Sheridan został mianowany szefem komisariatu Armii Południowo-Zachodniego Missouri, ale przekonał dowódcę departamentu, Hallecka, aby powierzył mu również stanowisko kwatermistrza generalnego. W styczniu 1862 roku zgłosił się do służby u gen. dyw. Samuela Curtisa i służył pod jego dowództwem w bitwie pod Pea Ridge. Sheridan szybko odkrył, że oficerowie zajmowali się spekulacją. Kradli konie cywilom i żądali zapłaty od Sheridana. Ten odmówił zapłaty za skradzione mienie i skonfiskował konie na użytek armii Curtisa. Kiedy Curtis nakazał mu zapłacić oficerom, Sheridan odparł bez ogródek: „Żadna władza nie może mnie zmusić do jayhawk lub kradzieży”. Curtis kazał aresztować Sheridana za niesubordynację, ale wydaje się, że wpływ Hallecka zakończył wszelkie formalne postępowania. Miesiąc później Sheridan dowodził swoimi pierwszymi siłami w walce, prowadząc małą brygadę, w skład której wchodził jego pułk. W bitwie pod Booneville, Mississippi, 1 lipca 1862 r., powstrzymał kilka pułków konfederackiej kawalerii gen. bryg. Jamesa R. Chalmersa, odrzucił duży atak oskrzydlający za pomocą głośnej dywersji i przekazał krytyczne informacje wywiadowcze na temat rozmieszczenia wroga. Jego działania tak zaimponowały dowódcom dywizji, w tym gen. brygady Williamowi S. Rosecransowi, że rekomendowali oni Sheridanowi awans na generała brygady. Napisali do Hallecka: „Brygadierów mało; dobrych mało. … Niżej podpisani błagają z szacunkiem, abyś uzyskał awans Sheridana. Jest on wart swojej wagi w złocie”. Promocja została zatwierdzona we wrześniu, ale datowana na 1 lipca jako nagroda za jego działania pod Booneville. To właśnie po Booneville jeden z jego kolegów oficerów dał mu konia, którego nazwał Rienzi (po potyczce pod Rienzi, Missisipi), na którym miał jeździć przez całą wojnę. Sheridan został przydzielony do dowodzenia 11 Dywizją, III Korpusu, w Armii Ohio gen. dyw. Don Carlosa Buella. 8 października 1862 roku Sheridan poprowadził swoją dywizję w bitwie pod Perryville. Na rozkaz Buella i dowódcy jego korpusu, gen. dyw. Charlesa Gilberta, Sheridan wysłał brygadę płk. Daniela McCooka, by zabezpieczyła dostawy wody dla armii. McCook odepchnął Konfederatów i zapewnił wodę dla wysuszonych oddziałów Unii przy Doctor’s Creek. Gilbert rozkazał McCookowi nie posuwać się dalej, a następnie udał się na naradę z Buellem. Po drodze Gilbert rozkazał swojej kawalerii zaatakować Konfederatów na froncie Dana McCooka. Sheridan usłyszał strzały i przybył na front z drugą brygadą. Chociaż kawaleria nie zdołała zabezpieczyć wzgórz przed McCookiem, posiłki Sheridana odepchnęły południowców. Gilbert wrócił i nakazał Sheridanowi powrót na pierwotną pozycję McCooka. Agresywność Sheridana przekonała przeciwników Konfederatów pod dowództwem gen. dyw. Leonidasa Polka, że powinni pozostać w defensywie. Jego oddziały odparły ataki Konfederatów jeszcze tego samego dnia, ale nie brały udziału w najcięższych walkach tego dnia, które miały miejsce po lewej stronie Unii. 31 grudnia 1862 roku, w pierwszym dniu bitwy nad Stones River, Sheridan przewidział szturm Konfederatów i przygotował do niego swoją dywizję. Jego dywizja powstrzymała natarcie Konfederatów na swoim froncie aż do momentu, gdy skończyła się im amunicja i zostali zmuszeni do wycofania się. Akcja ta odegrała kluczową rolę w daniu armii Unii czasu na zajęcie silnej pozycji obronnej. Za swoje czyny został awansowany na generała majora 10 kwietnia 1863 r. (z datą nadania stopnia 31 grudnia 1862 r.). W ciągu sześciu miesięcy awansował z kapitana na generała majora. Armia Cumberlandu otrząsnęła się po szoku nad Stones River i przygotowała się do letniej ofensywy przeciwko konfederackiemu generałowi Braxtonowi Braggowi. Dywizja Sheridana uczestniczyła w natarciu przeciwko Braggowi w błyskotliwej kampanii Tullahoma Rosecransa i była główną dywizją, która wkroczyła do miasta Tullahoma. Drugiego dnia bitwy pod Chickamauga, 20 września 1863 r., Rosecrans przesuwał dywizję Sheridana za linię Unii, gdy Bragg rozpoczął atak w lukę w linii Unii. Dywizja Sheridana dzielnie broniła się na wzgórzu Lytle Hill przed atakiem konfederackiego korpusu gen. Jamesa Longstreeta, ale została zmiażdżona przez wycofujących się żołnierzy Unii. Konfederaci zepchnęli dywizję Sheridana z pola walki w zamieszaniu. Zebrał on tylu ludzi i wycofał się w kierunku Chattanoogi, zbierając po drodze oddziały. Dowiedziawszy się, że XIV Korpus gen. mjr George’a H. Thomasa stanął na wzgórzu Snodgrass, Sheridan rozkazał swojej dywizji wrócić do walki, ale poszła ona okrężną drogą i nie brała udziału w walkach, jak twierdzą niektórzy historycy. Jego powrót na pole bitwy zapewnił mu, że nie spotka go los Rosecransa, który odjechał do Chattanoogi, pozostawiając armię własnemu losowi, i wkrótce został zwolniony z dowództwa. Podczas bitwy o Chattanoogę, na Missionary Ridge 25 listopada 1863 roku, dywizja Sheridana i inne z armii George’a Thomasa przełamały linie Konfederatów w dzikiej szarży, która przekroczyła rozkazy i oczekiwania Thomasa i Ulyssesa S. Granta. Tuż przed ruszeniem Sheridan powiedział im: „Pamiętajcie o Chickamauga”, a wielu z nich wykrzykiwało jej nazwę, posuwając się zgodnie z rozkazem do linii dołów karabinowych na przedzie. Jednak w obliczu ognia wroga z góry, kontynuowali wspinaczkę na grzbiet. Sheridan dostrzegł grupę konfederackich oficerów na tle grzbietu i krzyknął: „To na was!”. Eksplodujący pocisk opryskał go ziemią, na co on odpowiedział: „To cholernie nieuprzejme! Wezmę za to te działa!”. Szarża Unii przełamała linie Konfederatów na grzbiecie i armia Bragga rzuciła się do odwrotu. Sheridan impulsywnie rozkazał swoim ludziom ścigać Bragga aż do konfederackiego składu zaopatrzenia w Chickamauga Station, ale odwołał ich, gdy zorientował się, że jest to jedyne dowództwo, które do tej pory było do przodu. „Szybkiemu ruchowi Sheridana Armia Cumberlandu i naród zawdzięczają większość zdobytych tego dnia jeńców, artylerii i broni ręcznej. Gdyby nie jego szybki pościg, tak wiele w ten sposób nie zostałoby osiągnięte.” – Gen. Grant Przez całą wojnę Konfederaci wysyłali armie z Wirginii przez Dolinę Shenandoah, aby najechać Maryland i Pensylwanię i zagrozić Waszyngtonowi. Gen. broni Jubal A. Early, postępując według tego samego schematu w Kampaniach Doliny w 1864 roku i mając nadzieję na odwrócenie uwagi Granta od oblężenia Petersburga, zaatakował siły Unii w pobliżu Waszyngtonu i najechał kilka miast w Pensylwanii. Grant, reagując na polityczne zamieszanie wywołane inwazją, zorganizował Środkową Dywizję Wojskową, której oddziały polowe znane były jako Armia Shenandoah. Rozważał różnych kandydatów na dowódców, w tym George’a Meade’a, Williama B. Franklina i Davida Huntera, przy czym ci dwaj ostatni mieli dowodzić dywizją wojskową, a Sheridan armią. Wszystkie te wybory zostały odrzucone przez Granta lub Departament Wojny, i pomimo sprzeciwu sekretarza wojny Edwina M. Stantona, który uważał, że jest on zbyt młody na tak wysokie stanowisko, Sheridan objął dowództwo w obu rolach w Harpers Ferry 7 sierpnia 1864 roku. Jego misją było nie tylko pokonanie armii Early’ego i zamknięcie północnej drogi inwazji, ale także pozbawienie Doliny Shenandoah roli wydajnego regionu rolniczego dla Konfederacji. Grant powiedział Sheridanowi: „Ludzie powinni zostać poinformowani, że tak długo, jak armia może wśród nich przetrwać, należy spodziewać się nawrotów tych najazdów, a my jesteśmy zdecydowani powstrzymać je za wszelką cenę. … Nie dajcie wrogowi spokoju … Wyrządzajcie wszelkie szkody na kolei i w uprawach, jakie tylko możecie. Zabierajcie zapasy wszelkiego rodzaju, aby uniemożliwić dalsze nasadzenia. Jeśli wojna ma trwać jeszcze rok, chcemy, by dolina Shenandoah pozostała jałowym pustkowiem.” Sheridan rozpoczął powoli, potrzebował czasu na zorganizowanie się i zareagowanie na posiłki docierające do Early’ego; Grant nakazał mu, by nie rozpoczynał ofensywy „mając przewagę na twoją niekorzyść”. A jednak Grant wyraził frustrację z powodu braku postępów Sheridana. Wojska pozostały niezaangażowane przez ponad miesiąc, powodując polityczną konsternację na Północy, gdy zbliżały się wybory w 1864 roku. Obaj generałowie naradzili się 16 września w Charles Town i uzgodnili, że Sheridan rozpocznie swoje ataki w ciągu czterech dni. 19 września Sheridan pokonał znacznie mniejszą armię Early’ego pod Third Winchester, a następnie 22 września odniósł zwycięstwo pod Fisher’s Hill. Gdy Early próbował się przegrupować, Sheridan rozpoczął działania represyjne swojej misji, wysyłając kawalerię aż do Waynesboro, by zajęła lub zniszczyła żywy inwentarz i zapasy, a także spaliła stodoły, młyny, fabryki i linie kolejowe. Ludzie Sheridana wykonywali swoją pracę bezustannie i dokładnie, czyniąc ponad 400 mil kwadratowych niezdatnymi do zamieszkania. Zniszczenia zapowiadały taktykę spalonej ziemi z Marszu Shermana do Morza przez Georgię – pozbawić armię bazy, z której mogłaby operować i sprowadzić skutki wojny na wspierającą ją ludność. Mieszkańcy określali to powszechne zniszczenie jako „The Burning”. Konfederaci nie próżnowali w tym okresie, a ludzie Sheridana byli nękani przez partyzanckie rajdy strażnika pułkownika Johna S. Mosby’ego. Ale Sheridan zakładał, że Jubal Early jest skutecznie wyłączony z działań i rozważał wycofanie swojej armii, by dołączyć do Granta w Petersburgu, Early otrzymał posiłki i 19 października pod Cedar Creek przeprowadził dobrze wykonany atak z zaskoczenia, podczas gdy Sheridan był nieobecny w swojej armii, dziesięć mil dalej w Winchester. Słysząc odległe odgłosy artylerii, agresywnie podjechał do swojego dowództwa. Dotarł na pole bitwy około 10:30 i zaczął zbierać swoich ludzi. Na szczęście dla Sheridana, ludzie Early’ego byli zbyt zajęci, by zwrócić na to uwagę; głodni i wyczerpani wyruszyli, by plądrować obozy Unii. To właśnie Sheridanowi przypisuje się uratowanie dnia (choć gen. dyw. Horatio G. Wright, dowodzący VI Korpusem Sheridana, już wcześniej zmobilizował swoich ludzi i powstrzymał ich odwrót). Early poniósł największą porażkę, która uczyniła jego armię niemal niezdolną do przyszłych działań ofensywnych. Sheridan otrzymał osobisty list dziękczynny od Abrahama Lincolna i awans na generała majora regularnej armii z dniem 8 listopada 1864 roku, co czyniło go czwartym w kolejności generałem w armii, po Grancie, Shermanie i Meade. Grant napisał do sekretarza wojny Edwina M. Stantona po tym, jak ten nakazał oddać salwę ze 100 dział dla uczczenia zwycięstwa Sheridana pod Cedar Creek: „Przekształcenie tego, co miało być klęską, w chwalebne zwycięstwo oznacza Sheridana, za jakiego zawsze go uważałem, jednego z najzdolniejszych generałów”. Słynny wiersz „Sheridan’s Ride” został napisany przez Thomasa Buchanana Reada, aby upamiętnić powrót generała do bitwy. Sheridan cieszył się sławą, jaką przyniósł mu wiersz Reada, zmieniając nazwę swojego konia Rienzi na „Winchester”, w oparciu o refren wiersza: „Winchester, dwadzieścia mil stąd”. Wiersz był szeroko wykorzystywany w kampaniach republikanów, a niektórzy przypisują mu margines zwycięstwa Abrahama Lincolna. Sheridan spędził następne kilka miesięcy zajęty lekkimi potyczkami i walką z partyzantami. Chociaż Grant nadal nawoływał Sheridana do ruszenia na południe i przerwania Virginia Central Railroad zaopatrującej Petersburg, Sheridan stawiał opór. VI Korpus Wrighta powrócił w listopadzie, by dołączyć do Granta. Pozostali ludzie Sheridana, głównie kawaleria i artyleria, 27 lutego 1865 r. ostatecznie opuścili swoje zimowe kwatery i udali się na wschód. Rozkazy od gen. Granta były w dużej mierze uznaniowe: mieli zniszczyć Virginia Central Railroad i James River Canal, zdobyć Lynchburg, jeśli to możliwe, a następnie albo dołączyć do Williama T. Shermana w Karolinie Północnej, albo wrócić do Winchesteru.