Pepperidge Farm fu fondata nel 1939 da Margaret Rudkin, una mamma di tre ragazzi. Ha iniziato a fare il pane integrale nella cucina della sua fattoria a Fairfield, Connecticut, per suo figlio, Mark, che soffriva di allergie e malattie e non era in grado di mangiare la maggior parte del pane commerciale disponibile a quel tempo.
I medici raccomandarono il suo pane genuino ai pazienti che avevano bisogno di una dieta più nutriente e presto Margaret iniziò a vendere le pagnotte nel suo negozio di alimentari locale. La qualità era così buona che il pane veniva venduto a 25 centesimi, quando tutte le altre pagnotte costavano solo 10 centesimi.
La voce dell’eccellente pane di Margaret si diffuse e lei finalmente passò dalla cottura del pane nella sua fattoria ad una grande panetteria nel 1947. Negli anni successivi, Margaret costruì il marchio Pepperidge Farm in un’azienda alimentare nazionale, espandendosi oltre il pane a biscotti, cracker, torte e pasticceria.
I cracker Goldfish furono lanciati negli Stati Uniti nel 1962 dopo che Margaret visitò un’azienda svizzera di biscotti premium, la Kambly e provò i loro cracker Goldfish. Margaret vide il potenziale e raggiunse un accordo con Kambly SA per produrre e vendere il prodotto negli Stati Uniti. I primi gusti disponibili furono Cheese, Pizza, Smoky BBQ e Lightly Salted (ora chiamato Original).