Pepperidge Farm została założona w 1939 roku przez Margaret Rudkin, mamę trzech chłopców. Zaczęła piec chleb pełnoziarnisty w kuchni na swojej farmie w Fairfield, Connecticut, dla swojego syna Marka, który cierpiał na alergie i choroby i nie mógł jeść większości dostępnych wówczas na rynku chlebów.
Lekarze polecali jej zdrowy chleb pacjentom, którzy potrzebowali bardziej pożywnej diety i wkrótce Margaret zaczęła sprzedawać bochenki w swoim lokalnym sklepie spożywczym. Jakość była tak dobra, że chleb był sprzedawany za 25 centów, kiedy wszystkie inne bochenki kosztowały tylko 10 centów.
Word of Margaret’s excellent bread spread and she finally moved from baking the bread on her farm to a large bakery in 1947. W kolejnych latach Margaret przekształciła markę Pepperidge Farm w krajową firmę spożywczą, rozszerzając działalność poza pieczywo na ciastka, krakersy, ciasta i wyroby cukiernicze.
Krakersy Goldfish zostały wprowadzone na rynek amerykański w 1962 roku po tym, jak Margaret odwiedziła szwajcarską firmę produkującą ciastka premium, Kambly, i spróbowała ich krakersów Goldfish. Margaret dostrzegła potencjał i zawarła umowę z Kambly SA na produkcję i sprzedaż tego produktu w USA. Pierwszymi dostępnymi smakami były Cheese, Pizza, Smoky BBQ i Lightly Salted (obecnie nazywany Original).