Pepperidge Farm grundades 1939 av Margaret Rudkin, en mamma med tre pojkar. Hon började baka fullkornsbröd i köket på sin gård i Fairfield, Connecticut, för sin son Mark, som led av allergier och sjukdomar och inte kunde äta det mesta av det kommersiella brödet som fanns tillgängligt på den tiden.
Läkare rekommenderade hennes hälsosamma bröd till patienter som behövde en mer näringsriktig kost och snart började Margaret sälja bröd i sin lokala livsmedelsbutik. Kvaliteten var så bra att brödet såldes för 25 cent, när alla andra bröd bara kostade 10 cent.
Rösten om Margaret’s utmärkta bröd spred sig och hon flyttade slutligen från att baka brödet på sin gård till ett stort bageri 1947. Under de följande åren byggde Margaret upp varumärket Pepperidge Farm till ett nationellt livsmedelsföretag och expanderade från bröd till kakor, kex, kex, kakor och bakverk.
Goldfish crackers lanserades i USA 1962 efter att Margaret besökt ett schweiziskt premiumkaksföretag, Kambly, och provat deras Goldfish crackers. Margaret såg potentialen och träffade ett avtal med Kambly SA om att tillverka och sälja produkten i USA. De första tillgängliga smakerna var Cheese, Pizza, Smoky BBQ och Lightly Salted (nu kallad Original).