Pepperidge Farm foi fundada em 1939 por Margaret Rudkin, uma mãe de três rapazes. Ela começou a fazer pão integral na cozinha de sua fazenda em Fairfield, Connecticut, para seu filho, Mark, que sofria de alergias e doenças e não conseguia comer a maioria dos pães comercialmente disponíveis naquela época.
Os médicos recomendaram o seu pão saudável a pacientes que precisavam de uma dieta mais nutritiva e logo Margaret começou a vender pães na sua mercearia local. A qualidade era tão boa que o pão era vendido por 25 centavos, quando todos os outros pães eram apenas 10 centavos.
Palavra do excelente pão de Margaret espalhado e ela finalmente passou de cozer o pão na sua fazenda para uma grande padaria em 1947. Nos anos seguintes, Margaret construiu a marca Pepperidge Farm em uma empresa nacional de alimentos, expandindo além do pão para biscoitos, bolachas, bolos e pastelaria.
Biscoitos de peixe dourado foram lançados nos EUA em 1962 depois que Margaret visitou uma empresa suíça de biscoitos premium, a Kambly, e experimentou seus biscoitos de peixe dourado. Margaret viu o potencial e chegou a um acordo com a Kambly SA para fabricar e vender o produto nos EUA. Os primeiros sabores disponíveis foram Cheese, Pizza, Smoky BBQ e Lightly Salted (agora chamado Original).