Eräänä iltana Mirage Studiosilla marraskuussa 1983 Kevin Eastman ja Peter Laird olivat ahkerasti työstämässä Fugitoid-sarjakuvansa viimeisintä lukua, kun tuntemattoman inspiraation vaikutuksesta Eastman piirsi naamioituneen, nunchuckia heiluttavan ”ninjakilpikonnan”. Hän näytti sen Lairdille, ja he nauroivat yhdessä lähtökohdan typeryydelle.
”Pete piirsi vielä hienomman”, Eastman muistelee. ”Sitten minun oli tietysti ylitettävä hänen luonnoksensa, joten piirsin neljä niistä seisomaan dramaattisessa poseerauksessa. Se oli lyijykynällä, mutta Pete tussasi sen ja lisäsi ’ninjakilpikonna’-osaan ’teini-ikäinen mutantti’. Rehellisesti sanottuna kusimme housuihimme sinä iltana. ’Tämä on tyhmin juttu ikinä.'”
Mitä enemmän he kuitenkin miettivät asiaa, sitä enemmän potentiaalia he näkivät omituisessa konseptissa. Kun heidän työnsä ensimmäisen Fugitoid-tarinan parissa oli päättymässä, kaksikko päätti tehdä Teenager Mutant Ninja Turtlesista seuraavan sarjakuvaprojektinsa. He saivat inspiraatiota joistakin suosikkisarjakuvistaan, kuten Frank Millerin eeppisestä samurai-seikkailusta Ronin ja Marvel Comicsin maineikkaasta Daredevil-sarjakuvasta – sekä yhteisestä rakkaudestaan Jack Kirbyyn – ja ryhtyivät kehittämään Turtles-universumia.
Teini-ikäisten mutanttininjakilpikonnien syntytarina oli kunnianosoitus Daredevilin ensimmäiselle numerolle vuodelta 1963, jossa nuori Matt Murdock sokeutuu radioaktiivisesta isotoopista työntäessään vanhaa sokeaa miestä vastaantulevan rekan tieltä. Eastman ja Laird päättelivät, että sen jälkeen, kun isotooppia sisältänyt kanisteri osui Murdockiin, se törmäsi sivulliseen, joka kantoi akvaariota, jossa oli hänen lemmikkejään – neljä kilpikonnanpoikasta. Kilpikonnat ja kanisteri, jossa oli nimikirjaimet T.C.R.I., putosivat ritilää pitkin alla olevaan viemäriin, jossa utelias rotta Splinter löysi ne. Splinter oli ollut maanpaossa eläneen ninjasoturi Hamato Yoshin lemmikki, jonka petollinen Oroku Saki, joka syytti Yoshia veljensä Oroku Nagin kuolemasta, tappoi rakastajansa Tang Shenin kanssa.
”Splinterin nimi oli vinkki Daredevilin sivuhahmolle Stickille”, Laird muistelee Millerin luomasta ninjamestarista, joka antoi nuorelle Matt Murdockille taidot, joita tämä tarvitsi taistellessaan rikollisuutta vastaan Daredevilinä. ”Luulen, että valitsimme rotan, koska kun aloimme työstää TMNT:n ensimmäisen numeron tarinaa, tiesimme, että suuri osa siitä sijoittuisi kaupungin sadevesiviemäreihin, viemäreihin ja takakujille, ja ajattelimme, että näiden paikkojen yleinen asukas olisi nöyrä rotta.” Koska The Hand uhkasi Daredeviliä Millerin aikana, oli luonnollista, että Kilpikonnat joutuisivat konfliktiin The Footin kanssa, ninjaklaanin, jonka johtaja, Shredder, ei ollut kukaan muu kuin Oroku Saki. Silppuri sai inspiraationsa muotoiluun metallisesta juustoraasteesta, joka vaikutti Eastmanille potentiaaliselta aseelta väärän henkilön käsissä.
Käyttämällä Lairdin kopiota Jansonin taidehistoriasta inspiraationsa saamiseksi, pariskunta valitsi kilpikonnille nimet neljästä suosikkiensa renessanssitaiteilijasta: Leonardo, Michelangelo, Donatello ja Rafael. Koska kilpikonnat olivat ulkonäöltään lähes identtisiä, varsinkin kun kirja oli tarkoitus julkaista mustavalkoisena, Eastman ja Laird erottelivat kilpikonnat toisistaan asevalinnoillaan: Leonardo käytti katanaa, Michelangelo nunchuckia, Donatello hallitsi bo-sauvaa ja Rafael suosi veitsenterävää saista. Ja mestari Splinter, mutatoitunut rotta, otti kunnian kilpikonnien nimeämisestä heti ensimmäisessä numerossa. Mestari Splinter ei kuitenkaan ollut mestari oikeinkirjoittaja, sillä hän kutsui nunchuckia heiluttavaa oppilastaan ”Michaelangeloksi” – kirjoitusvirhe, joka tarttui hahmoon vuosiksi eteenpäin.