Naisen normaaliin elinkaareen liittyy useita hormonaalisia virstanpylväitä: menarche, raskaus, ehkäisyn käyttö, vaihdevuodet ja korvaavien sukupuolihormonien käyttö. Menarke merkitsee kuukautisten alkamista ja hormonitasojen syklisiä muutoksia. Raskauteen liittyy sukupuolihormonien ei-syklisen tason nousu ja vaihdevuosiin ei-syklisen tason lasku. Hormonaalinen ehkäisy lisääntymisvuosien aikana ja hormonikorvaus vaihdevuosien aikana ovat terapeuttisia hormonaalisia toimenpiteitä, jotka muuttavat sukupuolihormonien tasoja ja kiertoa. Nämä tapahtumat ja toimenpiteet voivat aiheuttaa muutoksia päänsäryn esiintyvyydessä tai voimakkuudessa. Kuukautiskierto on seurausta hypotalamuksen, aivolisäkkeen, munasarjojen ja kohdun limakalvon välisestä huolellisesti järjestetystä vuorovaikutussuhteesta, jossa sukupuolihormonit toimivat modulaattoreina ja vaikuttajina kullakin tasolla. Estrogeenilla ja progestiineilla on voimakkaita vaikutuksia keskushermoston serotonergisiin ja opioidineuroneihin, ja ne moduloivat sekä neuronien aktiivisuutta että reseptorien tiheyttä. Kuukautisiin liittyvän migreenin (MM) ensisijainen laukaiseva tekijä näyttää olevan pikemminkin estrogeenin vetäytyminen kuin korkeiden tai matalien estrogeenitasojen ylläpitäminen. Raskauden (lisääntynyt) ja vaihdevuosien (vähentynyt) aiheuttamat muutokset pysyvissä estrogeenitasoissa näyttävät kuitenkin vaikuttavan päänsärkyyn. OC:n käyttöön tai vaihdevuosien hormonikorvaushoitoon liittyvät päänsäryt voivat osittain liittyä suun kautta otettavien sukupuolihormonivalmisteiden ajoittaiseen lopettamiseen. Sukupuolihormonitasojen muutoksiin liittyvän migreenin hoito on usein vaikeaa, ja potilaat ovat usein hoitoresistenttejä. Sen perusteella, mitä migreenin patofysiologiasta tiedetään, olemme pyrkineet tarjoamaan loogisen lähestymistavan kuukautisiin, vaihdevuosiin ja OC-valmisteisiin liittyvien päänsärkyjen hoitoon käyttämällä abortoivia ja ennaltaehkäiseviä lääkkeitä ja hormonaalisia manipulaatioita. Huomattava näyttö viittaa estrogeenin ja progesteronin, naisten sukupuolihormonien, ja migreenin väliseen yhteyteen. (Silberstein ja Merriam, 1997; Lipton ja Stewart, 1993; Epstein ym., 1975; Goldstein ja Chen, 1982; Selby ja Lance, 1960) Vaikka sukupuolten välistä eroa ei ole havaittavissa esipuberteetti-ikäisillä lapsilla, migreeniä esiintyy yhtä paljon 4p. 100 pojilla ja tytöillä, (Goldstein ja Chen, 1982, Waters ja O’Connor, 1971) migreeniä esiintyy useammin aikuisilla naisilla (18p. 100) kuin miehillä (6p. 100). (Lipton ja Stewart, 1993) Migreeni kehittyy yleisimmin toisella vuosikymmenellä, ja esiintyvyyshuippu ajoittuu nuoruusiän myötä. (Selby ja Lance, 1960; Epstein ym., 1975) Kuukautisiin liittyvä migreeni (MM) alkaa menarchen aikaan 33p. 100 sairastuneista naisista (Epstein ym. , 1975). MM esiintyy pääasiassa kuukautisten aikaan monilla migreeniä sairastavilla naisilla ja joillakin yksinomaan kuukautisten yhteydessä (todellinen kuukautismigreeni ) (Epstein ym., 1975). Kuukautismigreeniin voi liittyä muita ennen kuukautisia ilmeneviä ja usein kuukautisten aikana jatkuvia somaattisia vaivoja, kuten pahoinvointia, selkäkipua, rintojen arkuutta ja kramppeja, ja niiden tavoin se näyttää olevan seurausta laskevista sukupuolihormonitasoista (Silberstein ja Merriam, 1997; American Psychiatric Association, 1994). Lisäksi kuukautisia edeltävä migreeni voi liittyä kuukautisia edeltävään dysforiseen häiriöön (PDD, premenstrual dysphoric disorder), jota kutsutaan myös ”kuukautisia edeltäväksi oireyhtymäksi” (PMS, premenstrual syndrome), joka eroaa kuukautisia edeltävien kuukautisten fyysisistä oireista eikä todennäköisesti johdu suoraan progesteronitasojen laskusta (Mortola, 1998). Kuukautisten aikana (eikä ennen niitä) ilmenevä migreeni ei yleensä liity PMS:ään (Silberstein ja Merriam, 1997). Migreeni voi pahentua raskauden ensimmäisen raskauskolmanneksen aikana, ja vaikka monet naiset tulevat päänsärkyvapaiksi kahden viimeisen raskauskolmanneksen aikana, 25p. 100:lla migreeni ei muutu (Silberstein, 1997). MM tyypillisesti paranee raskauden myötä, mikä saattaa johtua korkeiden estrogeenipitoisuuksien säilymisestä (Silberstein, 1997). Hormonikorvaus estrogeeneillä voi pahentaa migreeniä, ja suun kautta otettavat ehkäisyvalmisteet (OC) voivat muuttaa sen luonnetta ja esiintymistiheyttä
.