Alla tre har det gemensamt att de består av flera nukleotider som är sammankopplade till en kedja (en polynukleotid). Deras huvudsakliga skillnader ligger i deras varierande funktioner tillsammans med motsvarande strukturella skillnader. Eftersom mRNA och tRNA är varianter av RNA, ska vi först titta på de strukturella skillnaderna mellan DNA och RNA. DNA innehåller de fyra baserna Adenin(A), Cytosin(C), Guanin(C) och Thymin(T). RNA-molekyler innehåller samma baser med undantag för tymin som är ersatt av uracil(U). Dessutom är RNA mycket kortare och enkelsträngat medan DNA är långt och dubbelsträngat. De enskilda nukleotiderna i DNA och RNA är också något olika. Alla nukleotider består av ett socker, en bas och en fosfatgrupp. I DNA kallas sockret som används för deoxyribose medan sockret i RNA är ribose (därav DNA och RNA) Den viktiga strukturella skillnaden mellan de två typerna av RNA är att mRNA antar formen av en linje medan tRNA har en klöverliknande form. Här ligger dock deras huvudsakliga skillnader i deras funktion. Båda spelar en viktig roll i proteinsyntesen. mRNA används som ett kärl för att transportera genetisk information, i form av baser, som kodats i cellens DNA till Rough Endoplasmatic Reticulum (RER) där den ska översättas till protein. tRNA spelar en roll i denna process genom att transportera aminosyror (de byggstenar som ingår i ett protein) och anpassa dem i rätt ordning för att skapa rätt protein. Om vi tittar tillbaka på tRNA:s struktur så har det en bindningsplats för aminosyror i ena änden för att kunna bära aminosyror. På andra sidan finns det tre oparade baser. Dessa kommer att binda till sina komplementära motsatta baser på mRNA-strängen som vi nämnde tidigare. Beroende på sekvensen av baser på mRNA kommer alltså ett specifikt protein att byggas. När vi nu tittar på bilden som helhet kan vi spåra bassekvensen på mRNA tillbaka till bassekvensen på DNA eftersom mRNA:s baser är de komplementära motsatserna till baserna på den aktuella delen av DNA:t.
.