Clarice Starling, młoda stażystka FBI, zostaje poproszona o wykonanie zadania przez Jacka Crawforda, szefa wydziału FBI zajmującego się sporządzaniem profili psychologicznych seryjnych morderców. Starling ma przedstawić kwestionariusz genialnemu psychiatrze sądowemu i kanibalistycznemu seryjnemu mordercy, Hannibalowi Lecterowi. Lecter odsiaduje dziewięć kolejnych wyroków dożywocia w zakładzie psychiatrycznym w Maryland za serię morderstw.
Prawdziwym zamiarem Crawforda jest jednak próba pozyskania pomocy Lectera w polowaniu na seryjnego mordercę o pseudonimie „Buffalo Bill”, którego M.O. polega na porywaniu kobiet z nadwagą, głodzeniu ich przez okres do dwóch tygodni, zabijaniu i obdzieraniu ze skóry, a następnie wyrzucaniu szczątków do pobliskich rzek. Przezwisko zostało zapoczątkowane przez wydział zabójstw w Kansas City jako chory żart, że „lubi obdzierać się ze skóry”. Przez całe dochodzenie, Starling okresowo wraca do Lecter w poszukiwaniu informacji, a dwa tworzą dziwny związek, w którym oferuje jej kryptyczne wskazówki w zamian za informacje o jej kłopotów i ponure dzieciństwo jako orphan.
Gdy szósta ofiara Billa znajduje się w Zachodniej Wirginii, Starling pomaga Crawford przeprowadzić sekcję zwłok. Starling znajduje poczwarkę w gardle ofiary, i tak jak przewidział Lecter, została ona oskalpowana. Trójkątne płaty skóry zostały również pobrane z jej ramion. Co więcej, raporty z autopsji wskazują, że Bill zabił ją w ciągu czterech dni od schwytania, czyli znacznie szybciej niż swoje wcześniejsze ofiary. Starling zabiera poczwarkę do Smithsonian, gdzie początkowo zostaje zidentyfikowana jako czarna ćma wiedźmy, gatunek, który nie występuje naturalnie w miejscu, gdzie znaleziono ofiarę, choć później zostaje zidentyfikowana jako ćma Death’s-head, jeszcze bardziej egzotyczny gatunek, który musiałby być hodowany w niewoli z importowanych jaj.
Na podstawie przepowiedni Lectera, Starling wierzy, że wie, kim naprawdę jest Buffalo Bill. Pyta Crawforda, dlaczego wysłano ją, by szukała informacji o Buffalo Billu, nie mówiąc jej, że to robi; Crawford twierdzi, że gdyby miała jakiś plan, Lecter by go wyczuł i nigdy się nie odezwał.
W Tennessee Catherine Baker Martin, córka senator Ruth Martin, zostaje porwana. W ciągu sześciu godzin jej bluzka zostaje znaleziona na poboczu drogi, rozcięta z tyłu: Wizytówka Buffalo Billa. Uwięził ją w oubiecie i zaczął głodzić. Crawford dowiaduje się, że nie kto inny jak prezydent Stanów Zjednoczonych wyraził „ogromne zainteresowanie” tą sprawą i że najlepszym rozwiązaniem jest udana akcja ratunkowa. Crawford szacuje, że mają trzy dni, zanim Catherine zostanie zabita. Starling zostaje wysłana do Lectera z propozycją układu: jeśli pomoże w uratowaniu Catherine i schwytaniu Buffalo Billa, zostanie przeniesiony z azylu, do czego nieustannie dążył. Lecter wyraża sceptycyzm co do prawdziwości oferty, ale nie wierzy, że Starling celowo go okłamuje.
Po wyjściu Starling, Lecter wspomina przeszłość, przypominając sobie rozmowę z Benjaminem Raspailem, byłym pacjentem, którego w końcu zamordował. Podczas sesji terapeutycznych Raspail opowiedział Lecterowi o byłym kochanku, Jamie Gumbie: Po Raspail opuścił Gumb i zaczął spotykać się z marynarzem o imieniu Klaus, Gumb stał się zazdrosny i zamordował Klausa, używając jego skóry do zrobienia fartucha. Raspail ujawnił również, że Gumb miał epifanię podczas oglądania wykluwania się motyla.
Rozważania Lectera zostają przerwane, gdy dr Frederick Chilton – administrator azylu i samozwańczy nemezis Lectera – wkracza do akcji. Urządzenie podsłuchowe pozwoliło mu nagrać ofertę Starling, a Chilton dowiedział się, że układ Crawforda to kłamstwo. Proponuje własną: Jeśli Lecter ujawni tożsamość Buffalo Billa, rzeczywiście zostanie on przeniesiony do innego azylu, ale tylko wtedy, gdy Chilton dostanie kredyt zaufania za uzyskanie od niego tej informacji. Lecter zgadza się, ale nalega, by pozwolono mu przekazać te informacje senatorowi Martinowi osobiście, w Tennessee. Nie wiedząc o tym Chiltonowi, Lecter potajemnie zebrał składniki improwizowanego wytrycha do kajdanek, który, jak dedukuje, przyda się w pewnym momencie podróży.
W Tennessee Lecter krótko zabawia się z senator Martin, rozkoszując się udręką kobiety, ale w końcu przekazuje jej pewne informacje o Buffalo Billu: nazywa się William „Billy” Rubin i cierpi na „wąglik kości słoniowej”, chorobę nożowników. Podaje też dokładny opis fizyczny. Nazwisko jest jednak czerwonym śledziem: bilirubina jest pigmentem w ludzkiej żółci i głównym barwnikiem w ludzkich odchodach, które laboratorium kryminalistyczne porównuje z kolorem włosów Chiltona.
Starling po raz ostatni próbuje wyciągnąć informacje od Lectera, który jest przetrzymywany w policyjnym areszcie. Oferuje on ostatnią wskazówkę – „pożądamy tego, co widzimy na co dzień” – i żąda, aby usłyszeć jej najgorsze wspomnienie. Starling wyjawia, że po śmierci ojca została wysłana do kuzyna, który mieszkał na ranczu z owcami i końmi. Pewnej nocy odkryła, że farmer dokonuje uboju wiosennych jagniąt, i uciekła w popłochu z klaczą również przeznaczoną do rzeźni, którą nazwała Hannah. Farmer złapał ją i wysłał do sierocińca, gdzie spędziła resztę dzieciństwa. Lecter, widząc podobieństwa między bezbronnych jagniąt i równie bezradny Catherine, dziękuje jej za jej szczerość, a dwa podzielić się krótki moment połączenia przed Chilton zmusza ją do opuszczenia. Wkrótce po tym, Lecter ucieka zabijając i wypatroszyć swoich strażników, używając jednej z ich twarzy jako maski, aby oszukać paramedyków.
Starling kontynuuje swoje poszukiwania Buffalo Bill, wywnioskować, że znał swoją pierwszą ofiarę, Fredrica Bimmel, z życia codziennego. Odwiedza dom rodzinny Fredrici i odkrywa, że zarówno ona, jak i Buffalo Bill byli znakomitymi krawcami i zabija kobiety, aby zrobić „garnitur” dla siebie, doszedłszy do przekonania, że jest transseksualistą, ale został uznany za zbyt szalonego, aby ubiegać się o zmianę płci. Obszukując znanych współpracowników Bimmela, trafia do domu niejakiego Jame’a Gumba, krawca i kaletnika. Ona szpieguje ćmę Death’s-head w jego domu i wie, kogo znalazła, jednak Gumb ucieka do swojej piwnicy. Starling, uzbrojony tylko w rewolwer, ale świadomy, że wzywając do wsparcia spowoduje śmierć Katarzyny, podąża za nim w dół, i zabija go po przeciągającym się pościgu. Katarzyna jest zwracany do jej rodziny fizycznie unharmed.
Lecter następnie pisze list gratulacyjny do Starling, w którym ma nadzieję, że „jagnięta przestały krzyczeć” i wskazuje, że nie ma planów, aby ścigać ją. On również przewiduje poprawnie, że zapisywanie Catherine Martin może przyznano Clarice trochę ulgi, ale że cisza nigdy nie stanie się wieczne, zwiastując jej motywy do dalszej kariery w FBI. Powieść kończy się Clarice śpi spokojnie „w ciszy jagniąt”.