Pepperidge Farm fue fundada en 1939 por Margaret Rudkin, madre de tres hijos. Empezó a hacer pan integral en la cocina de su granja en Fairfield, Connecticut, para su hijo, Mark, que sufría alergias y enfermedades y no podía comer la mayoría de los panes comerciales disponibles en aquella época.
Los médicos recomendaban su pan saludable a los pacientes que necesitaban una dieta más nutritiva y pronto Margaret empezó a vender panes en su tienda de comestibles local. La calidad era tan buena que el pan se vendía a 25 céntimos, cuando todos los demás panes costaban sólo 10 céntimos.
La noticia del excelente pan de Margaret se extendió y finalmente pasó de hornear el pan en su granja a una gran panadería en 1947. En los años siguientes, Margaret convirtió la marca Pepperidge Farm en una empresa nacional de alimentación, expandiéndose más allá del pan a las galletas, los crackers, los pasteles y la pastelería.
Las galletas Goldfish se lanzaron en Estados Unidos en 1962 después de que Margaret visitara una empresa suiza de galletas de primera calidad, Kambly, y probara sus galletas Goldfish. Margaret vio el potencial y llegó a un acuerdo con Kambly SA para fabricar y vender el producto en Estados Unidos. Los primeros sabores disponibles fueron Cheese, Pizza, Smoky BBQ y Lightly Salted (ahora llamado Original).