A Pepperidge Farmot 1939-ben Margaret Rudkin, három fiú édesanyja alapította. A Connecticut állambeli Fairfieldben található farmjának konyhájában kezdett teljes kiőrlésű kenyeret sütni fiának, Marknak, aki allergiában és betegségben szenvedett, és nem tudta megenni az akkoriban kapható legtöbb kereskedelmi forgalomban kapható kenyeret.
Az orvosok az ő egészséges kenyerét ajánlották azoknak a betegeknek, akiknek táplálóbb étrendre volt szükségük, és hamarosan Margaret elkezdte árulni a kenyereket a helyi élelmiszerboltban. A kenyér minősége olyan jó volt, hogy 25 centért árulták, amikor minden más kenyér mindössze 10 centbe került.
Margit kiváló kenyerének híre elterjedt, és végül 1947-ben a kenyérsütésből a farmján egy nagy pékségbe költözött. A következő években Margaret a Pepperidge Farm márkát országos élelmiszeripari vállalattá építette, és a kenyéren túl a süteményekre, kekszekre, süteményekre és péksüteményekre is kiterjedt.
A Goldfish kekszeket 1962-ben vezették be az Egyesült Államokban, miután Margaret meglátogatott egy svájci prémium süteménygyártó céget, a Kamblyt, és megkóstolta a Goldfish kekszeket. Margaret meglátta a benne rejlő lehetőségeket, és megállapodást kötött a Kambly SA-val a termék gyártásáról és értékesítéséről az Egyesült Államokban. Az első elérhető ízek a következők voltak: Cheese, Pizza, Smoky BBQ és Lightly Salted (ma Original).