Juan de Onate (tunnetaan myös nimellä Don Juan de Oñate y Salazar, 1550 – 1626) on kuuluisa espanjalainen tutkimusmatkailija, konkistadori ja siirtomaa-aluekuvernööri, jolla oli ratkaiseva rooli nykyisin Amerikan lounaisosaan kuuluvien Pohjois-Amerikan alueiden tutkimisessa. Hänen muistetuimpia urotekojaan ovat vierailut Suurille tasangoille, Colorado-joen alajuoksun laaksoon, alueiden valtaaminen Uudessa Meksikossa ja monien paikallisten intiaanikulttuurien kohtaaminen (jotkut heistä ryhtyivät kiivaaseen taisteluun häntä ja hänen tiukkaa hallintoaan vastaan). Monet historioitsijat kutsuvat häntä ”viimeiseksi valloittajaksi”.
Juan de Onaten varhainen elämä alkoi Zacatecasin kaupungissa nykyisessä Meksikossa (joka silloin tunnettiin nimellä Uusi Espanja). Hän oli espanjalais-baskialaisen siirtolaisen, hopeakaivoksen omistajan ja konkistadorin Cristóbal de Oñaten ja äidin Doña Catalina Salazar y de la Cadenan poika. Juan de Onate avioitui Isabel de Tolosa Cortés de Moctezuman kanssa, joka oli kaikkien aikojen kuuluisimman, atsteekkien valtakunnan tuhonneen konkistadorin Hernán Cortésin tyttärentytär.
48-vuotiaana Juan de Onate aloitti uransa, jonka tarkoituksena oli tutkia ja kolonisoida tutkimattomia maita syvemmälle Pohjois-Amerikan mantereelle. Ensimmäinen matka pois Uudesta Meksikosta alkoi vuonna 1598, kun hän ylitti Rio Granden ja alkoi asuttaa maata ja levittää roomalaiskatolilaisuutta paikallisille alkuasukkaille. Hän kohtasi pueblo-intiaanit, perusti Santa Fen maakunnan ja taisteli Acoman suuressa taistelussa pueblo-intiaaneja vastaan, jotka eivät halunneet luovuttaa kaikkia talvitarvikkeitaan Onaten retkikunnalle. Tuossa taistelussa Onate tappoi yli 800 miestä, naista ja lasta ja orjuutti loput 500 (joista kaikkia yli 25-vuotiaita miehiä rangaistiin vasemman jalan amputoinnilla).
Juan de Onaten seuraava suuri retkikunta alkoi vuonna 1601, jolloin hän otti tähtäimiinsä Suuret tasangot. Hänen seurueessaan, johon kuului 130 kokenutta sotilasta, 12 pappia ja joukko palvelijoita, hän lähti etsimään legendaarista kultakaupunkia. Hän ei tietenkään löytänyt sitä, mutta hän kohtasi apasseja, matkusti Oklahomaan, vieraili escanjaques-kansan luona, kuvasi Pohjois-Amerikan keskiosien korkean ruohon preerian ensikohtaamisen, ja matkan loppupuolella hän kohtasi rajados-kansoja, joiden päällikkö Caratax johti Onaten seuruetta hänen tuntemansa maan halki. Kotimatkalla Juan de Onate oli mukana suuressa taistelussa escanjaques-kansaa vastaan.
Juan de Onaten viimeinen retkikunta keskittyi Colorado-joelle, ja siihen osallistui vain pieni osa, noin 30-40 ihmistä. He matkasivat Rio Granden ja Kalifornianlahden välillä neljässä kuukaudessa ja onnistuivat tuomaan mukanaan selontekoja alueesta ja ehdotuksia sataman perustamisesta Kalifornianlahdelle.
Vuonna 1606 hänen tutkimusmatkailun ja maanvalloituksen päivänsä päättyivät, kun hänet pakotettiin palaamaan Meksiko Cityyn, koska hän oli kuullut äärimmäisestä julmuudestaan sekä alkuasukkaita että siirtolaisia kohtaan. Häntä ei vangittu, mutta hän matkusti lopulta takaisin Espanjaan, jossa hän sai Espanjan kuninkaan määräyksestä kaikkien kaivostarkastajien johtajan viran. Hän kuoli vuonna 1626, ja jotkut muistavat hänet merkittävistä tutkimusretkistään, monet taas julmana miehenä, joka tappoi ja kidutti umpimähkään.