Pepperidge Farm werd in 1939 opgericht door Margaret Rudkin, een moeder van drie jongens. Ze begon volkorenbrood te bakken in de keuken van haar boerderij in Fairfield, Connecticut, voor haar zoon Mark, die aan allergieën en ziekten leed en het meeste brood dat in die tijd in de handel verkrijgbaar was, niet kon eten.
Dokters raadden haar gezonde brood aan bij patiënten die een voedzamer dieet nodig hadden en al snel begon Margaret met de verkoop van broden in haar plaatselijke kruidenierswinkel. De kwaliteit was zo goed dat het brood voor 25 cent werd verkocht, terwijl alle andere broden slechts 10 cent kostten.
Woord van Margaret’s uitstekende brood verspreidde zich en uiteindelijk verhuisde ze van het bakken van het brood op haar boerderij naar een grote bakkerij in 1947. In de daaropvolgende jaren bouwde Margaret het merk Pepperidge Farm uit tot een nationaal voedingsmiddelenbedrijf en breidde ze haar activiteiten uit van brood tot koekjes, crackers, taarten en gebak.
Goldfish crackers werden in 1962 in de VS op de markt gebracht nadat Margaret een bezoek had gebracht aan een Zwitsers premium koekjesbedrijf, Kambly, en hun Goldfish crackers had uitgeprobeerd. Margaret zag het potentieel en sloot een overeenkomst met Kambly SA om het product in de VS te maken en te verkopen. De eerste beschikbare smaken waren Cheese, Pizza, Smoky BBQ en Lightly Salted (nu Original genoemd).