Robert Smalls syntyi Beaufortissa, Etelä-Carolinassa 5. huhtikuuta 1839 ja työskenteli kotiorjana 12-vuotiaaksi asti. Tuolloin hänen omistajansa John K. McKee lähetti hänet Charlestoniin työskentelemään tarjoilijana, laivan takiloitsijana ja merimiehenä, ja kaikki tulot menivät McKeelle. Tämä järjestely jatkui, kunnes Smalls oli 18-vuotias, jolloin hän neuvotteli pitävänsä kuukausipalkastaan 15 dollaria lukuun ottamatta kaikki muut kuin 15 dollaria, minkä ansiosta Smalls saattoi alkaa säästää rahaa. Kertyneillä säästöillä Smalls osti myöhemmin vaimonsa ja tyttärensä omistajalta 800 dollarilla. Heidän poikansa syntyi muutamaa vuotta myöhemmin.
Vuonna 1861 Smalls palkattiin kansimieheksi konfederaation kuljetushöyrylaiva Planterille, jonka kapteenina toimi Etelä-Carolinan toisen sotilaspiirin komentaja, kenraali Roswell Ripley. Planter sai tehtäväkseen toimittaa aseistusta konfederaation linnakkeisiin. Toukokuun 13. päivänä 1862 Planterin miehistö lähti illaksi maihin ja jätti Smallsin vartioimaan alusta ja sen sisältöä. Smalls lastasi laivaan vaimonsa, lapsensa ja 12 muuta orjaa kaupungista ja purjehti sillä satama-alueelle, jonne unionin alukset olivat muodostaneet saartonsa. Tämä matka vei laivan viiden linnakkeen ohi, jotka kaikki edellyttivät oikeaa vihellysmerkkiä osoittaakseen, että kyseessä oli konfederaation alus. Smalls esitteli Planterin lopulta unionin saartoaluksen Onwardin eteen ja nosti valkoisen antautumislipun. Myöhemmin hän luovutti kaikki merikartat, konfederaation laivaston koodikirjan ja aseistuksen sekä itse Planterin unionin laivastolle.
Smallsin uroteko sai osittain aikaan sen, että hän sai vastahakoisen presidentin Abraham Lincolnin harkitsemaan afroamerikkalaisten ottamista unionin armeijaan. Smalls lähti puhujakiertueelle eri puolille Pohjolaa kuvaamaan episodia ja värväämään mustia sotilaita sotaponnistuksiin. Vuoden 1863 lopulla hän palasi sota-alueelle ohjaamaan Planter-alusta, joka oli nyt unionin sota-alus. Joulukuussa 1863 hänet ylennettiin aluksen kapteeniksi, ja hänestä tuli ensimmäinen afroamerikkalainen, jolla oli tämä arvo Yhdysvaltain laivaston historiassa.
Sisällissodan jälkeen Smalls siirtyi politiikkaan republikaanina. Hänet valittiin Etelä-Carolinan edustajainhuoneeseen ja myöhemmin Etelä-Carolinan senaattiin. Hänet valittiin Yhdysvaltain edustajainhuoneeseen ensin Etelä-Carolinan 5. kongressipiiristä ja myöhemmin Etelä-Carolinan 7. kongressipiiristä. Smalls toimi kongressissa vuosina 1868-1889.
Viimeisen toimikautensa päätyttyä Smalls muutti takaisin Beaufortiin, Etelä-Carolinaan ja siirtyi Yhdysvaltain tullikomisarioksi. Hän myös osti ja asui talossa, jossa hän oli aikoinaan ollut orjana. Robert Smalls kuoli Beaufortissa 22. helmikuuta 1915, ja hänet on haudattu sinne perheensä kanssa. Hän oli kuollessaan 76-vuotias.