Den filippinska regeringen är organiserad inom ramen för en presidentiell, representativ och demokratisk republik där presidenten är både stats- och regeringschef. Detta system kretsar kring tre separata och suveräna men ändå ömsesidigt beroende grenar: den lagstiftande grenen (det lagstiftande organet), den verkställande grenen (det lagtillämpande organet) och den dömande grenen (det lagtolkande organet). Den verkställande makten utövas av regeringen under ledning av presidenten. Den lagstiftande makten utövas av både regeringen och den tvåkammarkongress som består av senaten (den övre kammaren) och representanthuset (den nedre kammaren). Den dömande makten ligger hos domstolarna med Filippinernas högsta domstol som högsta rättsliga organ.
Den verkställande makten
Den verkställande makten leds av presidenten som fungerar både som statschef och regeringschef. Presidenten är också överbefälhavare för Filippinernas väpnade styrkor. Presidenten väljs genom folkomröstning för en mandatperiod på sex år. Presidenten utser sedan (och kan avsätta) sina kabinettsmedlemmar som han/hon leder. Det verkställande regeringssätet administreras officiellt från Malacañang-palatset – som också är presidentens officiella residens – i Manila. Presidenten får inte längre ställa upp för omval, såvida han/hon inte blir president genom konstitutionell succession och har suttit högst fyra år som president.
Vicepresidenten, som är den näst högsta ämbetsmannen, är den som står först i tur att efterträda presidenten om denne avgår, åtalas eller avlider under ämbetet. Vicepresidenten kan vanligtvis, men inte alltid, vara medlem av presidentens kabinett. Om vicepresidentposten är vakant utser presidenten någon medlem av kongressen (vanligtvis en partimedlem) till ny vicepresident. Utnämningen bekräftas av tre fjärdedelar av kongressen som röstar separat.
Lagstiftande gren
Resten av kammarens platser är avsedda för sektorsrepresentanter som väljs på bred front genom ett komplicerat system med en ”partilista”, som är beroende av att partiet får minst 2 % till 6 % av det totala antalet röster i landet. Överhuset ligger i Pasay City, medan underhuset ligger i Quezon City. Distrikts- och sektorsrepresentanterna väljs för en mandatperiod på tre år. De kan väljas om, men är inte längre valbara för en fjärde mandatperiod i rad. Senatorerna väljs för en mandatperiod på sex år. De kan omväljas men får inte längre kandidera för en tredje mandatperiod i rad. Representanthuset kan välja att anta en resolution om en vakant parlamentsplats som banar väg för ett extra val. Vinnaren av det särskilda valet kommer att tjänstgöra under den föregående distriktsrepresentantens oavslutade mandatperiod; detta kommer att betraktas som en valperiod. Samma regel gäller i senaten, men den gäller endast om platsen blir vakant före ett ordinarie parlamentsval.
Judiciell gren
Regeringens rättsliga gren leds av Högsta domstolen, som har en överdomare som chef och 14 biträdande domare, som alla utses av presidenten på rekommendation av Judicial and Bar Council (rådet för rättsliga frågor och advokatsamfundet). Andra domstolstyper av domstolar, med varierande jurisdiktion runt om i skärgården, är de:
Lower Collegiate Courts
- Court of Appeals
- Court of Tax Appeals
- Sandiganbayan
Regular Courts
- Regional Trial Courts
- Metropolitan Trial. Courts
- Municipal Trial Courts
- Municipal Trial Courts in Cities
- Municipal Circuit Trial Courts
Muslim Courts
- Sharia District Courts
- Sharia Circuit Courts