El gobierno filipino se desarrolla en un marco organizado de república presidencialista, representativa y democrática en el que el presidente es a la vez el jefe de Estado y el jefe de gobierno. Este sistema gira en torno a tres ramas separadas y soberanas, pero interdependientes: el poder legislativo (el órgano que hace las leyes), el poder ejecutivo (el órgano que hace cumplir las leyes) y el poder judicial (el órgano que interpreta las leyes). El poder ejecutivo lo ejerce el gobierno bajo la dirección del presidente. El poder legislativo lo ejercen tanto el Gobierno como el Congreso bicameral: el Senado (la cámara alta) y la Cámara de Representantes (la cámara baja). El poder judicial recae en los tribunales, con el Tribunal Supremo de Filipinas como máximo órgano judicial.
Rama ejecutiva
La rama ejecutiva está encabezada por el Presidente, que funciona como jefe de Estado y jefe de gobierno. El presidente es también el Comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas de Filipinas. El presidente es elegido por votación popular para un mandato de seis años. El presidente, entonces, nombra (y puede destituir) a los miembros de su gabinete que preside. La sede ejecutiva del gobierno se administra oficialmente desde el Palacio de Malacañang -también residencia oficial del presidente- en Manila. El Presidente ya no puede presentarse a la reelección, a menos que se convierta en presidente a través de la sucesión constitucional y no haya ejercido más de cuatro años como presidente.
El segundo funcionario de mayor rango, el vicepresidente, es el primero en la línea de sucesión en caso de que el presidente dimita, sea impugnado o muera en el cargo. El vicepresidente suele ser, aunque no siempre, un miembro del gabinete del presidente. Si hay una vacante en el cargo de vicepresidente, el presidente nombrará a cualquier miembro del Congreso (normalmente un miembro del partido) como nuevo vicepresidente. El nombramiento será validado por tres cuartas partes del Congreso votando por separado.
Rama legislativa
El resto de los escaños de la Cámara se designan para los representantes sectoriales elegidos en general a través de un complejo sistema de «lista de partidos», que depende de que el partido reciba al menos entre el 2% y el 6% del total de votos nacionales. La Cámara Alta está situada en Pasay City, mientras que la Cámara Baja se encuentra en Quezon City. Los representantes de distrito y sectoriales son elegidos con un mandato de tres años. Pueden ser reelegidos, pero no pueden optar a un cuarto mandato consecutivo. Los senadores son elegidos con un mandato de seis años. Pueden ser reelegidos, pero ya no pueden presentarse a un tercer mandato consecutivo. La Cámara de Representantes puede optar por aprobar una resolución para la vacante de un escaño legislativo que dé paso a una elección especial. El ganador de la elección especial cumplirá el mandato inconcluso del anterior representante del distrito; esto se considerará como un mandato electivo. La misma regla se aplica en el Senado, sin embargo, sólo se aplica si el escaño queda vacante antes de una elección legislativa regular.
Rama Judicial
La rama judicial del gobierno está encabezada por el Tribunal Supremo, que tiene un Presidente de la Corte Suprema como jefe y 14 Jueces Asociados, todos ellos nombrados por el presidente a recomendación del Consejo Judicial y del Colegio de Abogados. Otros tipos de tribunales, de jurisdicción variable en todo el archipiélago, son los:
Tribunales Colegiados Inferiores
- Tribunales de Apelación
- Tribunales de Apelación Fiscal
- Sandiganbayan
Tribunales Regulares
- Tribunales Regionales de Primera Instancia
- Tribunales Metropolitanos de Primera Instancia Tribunales
- Tribunales de Primera Instancia Municipales
- Tribunales de Primera Instancia Municipales en Ciudades
- Tribunales de Primera Instancia Municipales
Tribunales Musulmanes
- Tribunales de Distrito de la Sharia
- Tribunales de Circuito de la Sharia