A Fülöp-szigeteki kormány az elnöki, képviseleti és demokratikus köztársaság szervezett keretei között működik, ahol az elnök egyszerre államfő és kormányfő. Ez a rendszer három különálló és szuverén, de egymástól függő ág körül forog: a törvényhozó ág (a törvényhozó szerv), a végrehajtó ág (a törvényt végrehajtó szerv) és a bírói ág (a törvényértelmező szerv). A végrehajtó hatalmat az elnök vezetésével a kormány gyakorolja. A törvényhozó hatalmat a kormány és a kétkamarás kongresszus – a szenátus (a felsőház) és a képviselőház (az alsóház) – gyakorolja. A bírói hatalmat a bíróságok gyakorolják, a legfelsőbb bírói szerv a Fülöp-szigeteki Legfelsőbb Bíróság.
Végrehajtó hatalom
A végrehajtó hatalmat az elnök vezeti, aki államfőként és kormányfőként is funkcionál. Az elnök egyben a Fülöp-szigeteki fegyveres erők főparancsnoka is. Az elnököt népszavazás útján választják hatéves időtartamra. Az elnök ezután kinevezi (és felmentheti) kabinetjének tagjait, akiket ő vezet. A végrehajtó kormány székhelye hivatalosan a Malacañang-palotából – amely egyben az elnök hivatalos rezidenciája is – Manilában van. Az elnök már nem indulhat az újraválasztáson, kivéve, ha alkotmányos jogutódlás útján válik elnökké, és legfeljebb négy évig volt elnök.
A második legmagasabb tisztségviselő, az alelnök az első az utódlási sorban, ha az elnök lemond, vád alá helyezik vagy hivatalában meghal. Az alelnök általában, de nem mindig, tagja lehet az elnök kabinetjének. Ha az alelnöki tisztség megüresedik, az elnök a kongresszus bármely tagját (általában párttagot) nevezi ki új alelnöknek. A kinevezést a külön szavazó kongresszus háromnegyedes szavazata érvényesíti.
Törvényhozó ág
A képviselőház fennmaradó helyeit az ágazati képviselők számára jelölik ki, akiket egy bonyolult “pártlistás” rendszeren keresztül nagy számban választanak meg, amelynek feltétele, hogy a párt az országos szavazatok legalább 2-6%-át megszerezze. A felsőház Pasay Cityben, míg az alsóház Quezon Cityben található. A kerületi és ágazati képviselőket hároméves időtartamra választják. Újraválaszthatók, de a negyedik egymást követő ciklusban már nem indulhatnak. A szenátorokat hatéves időtartamra választják. Újraválaszthatók, de a harmadik egymást követő ciklusra már nem választhatók. A képviselőház dönthet úgy, hogy határozatot hoz egy megüresedett képviselői hely betöltése esetén, amely megnyitja az utat a rendkívüli választások előtt. A rendkívüli választás győztese az előző kerületi képviselő befejezetlen mandátumát tölti be; ez egy választási ciklusnak számít. Ugyanez a szabály érvényes a szenátusban is, azonban csak akkor, ha a képviselői hely a rendes törvényhozási választások előtt üresedik meg.
Igazságszolgáltatási ág
A kormányzat igazságszolgáltatási ágát a Legfelsőbb Bíróság vezeti, amelynek élén egy főbíró és 14 társbíró áll, akiket az elnök nevez ki a Bírói és Ügyvédi Tanács ajánlása alapján. További bírósági típusok, a szigetvilágban különböző joghatósággal rendelkező bíróságok a következők:
alsó kollégiumi bíróságok
- fellebbviteli bíróság
- adófellebbviteli bíróság
- Sandiganbayan
reguláris bíróságok
- körzeti bíróságok
- nagyvárosi bíróságok
- . Bíróságok
- Városi Bíróságok
- Városi Bíróságok a városokban
- Városi Kerületi Bíróságok
Muszlim Bíróságok
- Sharia Kerületi Bíróságok
- Sharia Kerületi Bíróságok