Filippiinien hallitus toimii presidentillisen, edustuksellisen ja demokraattisen tasavallan puitteissa, jossa presidentti on sekä valtion että hallituksen päämies. Tämä järjestelmä pyörii kolmen erillisen ja suvereenin mutta toisistaan riippuvaisen hallinnonhaaran ympärillä: lainsäädäntöelin (lakia säätävä elin), toimeenpaneva elin (lakia toimeenpaneva elin) ja oikeuslaitos (lakia tulkitseva elin). Toimeenpanovaltaa käyttää hallitus presidentin johdolla. Lainsäädäntövaltaa käyttävät sekä hallitus että kaksikamarinen kongressi – senaatti (ylähuone) ja edustajainhuone (alahuone). Tuomiovaltaa käyttävät tuomioistuimet, joista korkein oikeuslaitos on Filippiinien korkein oikeus.
Toteutusviranomainen
Toteutusviranomaista johtaa presidentti, joka toimii sekä valtionpäämiehenä että hallituksen päämiehenä. Presidentti on myös Filippiinien asevoimien ylipäällikkö. Presidentti valitaan kansanvaalilla kuuden vuoden toimikaudeksi. Tämän jälkeen presidentti nimittää (ja voi erottaa) kabinettinsa jäsenet, joita hän johtaa. Toimeenpanevaa hallintoa hoidetaan virallisesti Malacañangin palatsista – joka on myös presidentin virallinen asuinpaikka – Manilassa. Presidentti ei voi enää asettua ehdolle uudelleenvaaliehdokkaaksi, ellei hänestä tule presidenttiä perustuslaillisen perimysjärjestyksen kautta ja ellei hän ole toiminut presidenttinä enintään neljä vuotta.
Toiseksi korkein virkamies, varapresidentti, on ensimmäisenä perimysjärjestyksessä, jos presidentti eroaa, joutuu syytteeseen tai kuolee virassaan. Varapresidentti voi yleensä, mutta ei aina, kuulua presidentin kabinettiin. Jos varapresidentin virka vapautuu, presidentti nimittää uudeksi varapresidentiksi minkä tahansa kongressin jäsenen (yleensä puolueen jäsenen). Nimitys vahvistetaan erikseen äänestävän kongressin kolmen neljäsosan äänin.
Lainsäädäntöelin
Loppuosa edustajainhuoneen paikoista on tarkoitettu alakohtaisille edustajille, jotka valitaan laajasti monimutkaisella ”puoluelistajärjestelmällä”, jonka edellytyksenä on, että puolue saa vähintään 2-6 % kansallisesta äänimäärästä. Ylähuone sijaitsee Pasay Cityssä, kun taas alahuone sijaitsee Quezon Cityssä. Piiri- ja alakohtaiset edustajat valitaan kolmeksi vuodeksi. Heidät voidaan valita uudelleen, mutta he eivät voi enää asettua ehdolle neljännelle peräkkäiselle kaudelle. Senaattorit valitaan kuuden vuoden toimikaudeksi. Heidät voidaan valita uudelleen, mutta he eivät voi enää asettua ehdolle kolmannelle peräkkäiselle kaudelle. Edustajainhuone voi halutessaan antaa päätöslauselman vapautuvasta parlamenttipaikasta, joka tasoittaa tietä erityisvaaleille. Erityisvaalien voittaja hoitaa edellisen piirin edustajan kesken jääneen kauden; tämä katsotaan yhdeksi vaalikaudeksi. Samaa sääntöä sovelletaan senaatissa, mutta vain, jos paikka vapautuu ennen varsinaisia parlamenttivaaleja.
Tuomioistuinlaitos
Tuomioistuinlaitosta johtaa korkein oikeus, jonka johdossa on ylituomari ja 14 apulaisoikeustuomaria, jotka presidentti nimittää tuomari- ja asianajajaneuvoston suosituksesta. Muita tuomioistuintyyppejä, joiden toimivalta vaihtelee eri puolilla saaristoa, ovat:
Alemmat kollegiaalituomioistuimet
- Hovioikeus
- Verotuksen muutoksenhakutuomioistuin
- Sandiganbayan
Regulaarituomioistuimet
- Alueelliset oikeudenkäyntituomioistuimet
- Pääkaupunkiseudun oikeudenkäyntituomioistuimet. Tuomioistuimet
- Kunnalliset käräjäoikeudet
- Kunnalliset käräjäoikeudet kaupungeissa
- Kunnalliset käräjäoikeudet
Muslimituomioistuimet
- Sharia-piirituomioistuimet
- Sharia-piirituomioistuimet