Firmu Pepperidge založila v roce 1939 Margaret Rudkinová, matka tří chlapců. Začala péct celozrnný chléb v kuchyni své farmy ve Fairfieldu ve státě Connecticut pro svého syna Marka, který trpěl alergiemi a nemocemi a nebyl schopen jíst většinu tehdy dostupného komerčně vyráběného chleba.
Lékaři doporučovali její plnohodnotný chléb pacientům, kteří potřebovali výživnější stravu, a Margaret brzy začala prodávat bochníky v místním obchodě s potravinami. Chléb byl tak kvalitní, že se prodával za 25 centů, když všechny ostatní bochníky stály jen 10 centů.
Sláva o Margaretině vynikajícím chlebu se rozšířila a ona nakonec v roce 1947 přešla od pečení chleba na své farmě do velké pekárny. V následujících letech Margaret vybudovala značku Pepperidge Farm v národní potravinářskou společnost a rozšířila ji nejen na chléb, ale i na sušenky, krekry, koláče a pečivo.
Sušenky Goldfish byly v USA uvedeny na trh v roce 1962 poté, co Margaret navštívila švýcarskou společnost Kambly vyrábějící prémiové sušenky a ochutnala jejich krekry Goldfish. Margaret v nich viděla potenciál a dohodla se se společností Kambly SA na výrobě a prodeji tohoto výrobku v USA. První dostupné příchutě byly Cheese, Pizza, Smoky BBQ a Lightly Salted (nyní pod názvem Original).