In 1920 krävde Jones Act att fartyg med amerikansk flagg skulle byggas i USA, ägas av amerikanska medborgare och vara dokumenterade enligt USA:s lagar. Alla varor som kom in i eller lämnade Alaska måste transporteras av amerikanska transportörer och skeppas till Seattle före vidare transport, vilket gjorde Alaska beroende av delstaten Washington. USA:s högsta domstol beslutade att bestämmelsen i konstitutionen som säger att en stat inte ska ha inflytande över en annan stats handel inte var tillämplig eftersom Alaska bara var ett territorium. Priserna som Seattles rederier tog ut började stiga för att dra nytta av situationen.
Den stora depressionen ledde till att priserna på fisk och koppar, som var livsviktiga för Alaskas ekonomi vid den tiden, sjönk. Lönerna sjönk och arbetskraften minskade med mer än hälften. År 1935 ansåg president Franklin D. Roosevelt att amerikaner från jordbruksområden kunde förflyttas till Alaskas Matanuska-Susitna-dal för att få en ny chans till självförsörjning inom jordbruket. Kolonisterna kom till stor del från nordliga stater som Michigan, Wisconsin och Minnesota i tron att endast de som vuxit upp med ett klimat som liknar Alaskas kunde klara av att bosätta sig där. United Congo Improvement Association bad presidenten att bosätta 400 afroamerikanska jordbrukare i Alaska, med motiveringen att territoriet skulle erbjuda fullständiga politiska rättigheter, men rasistiska fördomar och tron att endast de som kom från nordliga delstater skulle vara lämpliga kolonister gjorde att förslaget misslyckades.
Utforskningen och bosättningen av Alaska skulle inte ha varit möjlig utan utvecklingen av flygplan, som gjorde det möjligt för inflyttning av nybyggare till delstatens inre, och snabb transport av människor och förnödenheter överallt. På grund av de ogynnsamma väderförhållandena i delstaten och det höga antalet piloter i förhållande till befolkningen finns dock över 1 700 flygplansvrak utspridda över hela delstaten. Många vrak spårar också sitt ursprung till den militära uppbyggnaden av delstaten under både andra världskriget och kalla kriget.
Alaskas strategiska betydelse för USA blev tydligare under andra världskriget. I april 1942 tvångsförflyttades över 200 personer av japanskt ursprung i territoriet och skickades till interneringsläger i inlandet till följd av Executive Order 9066, som gav regeringen befogenhet att förflytta och internera alla personer av japanskt ursprung från Stillahavskusten. Från juni 1942 till augusti 1943 invaderade japanerna USA via Aleuterna i slaget om Aleuterna. Detta var första gången sedan kriget 1812 som amerikansk mark ockuperades av en utländsk fiende. Japanerna drevs så småningom tillbaka från Aleuterna av en styrka på 34 000 amerikanska soldater.
Under våren och sommaren 1945 var Cold Bay på Alaskahalvön platsen för det största och mest ambitiösa överföringsprogrammet under andra världskriget, Project Hula, där USA överförde 149 fartyg och farkoster till Sovjetunionen och utbildade 12 000 sovjetiska medarbetare i deras användning i avvaktan på att Sovjetunionen skulle gå in i kriget mot Japan. Vid varje given tidpunkt befann sig omkring 1 500 amerikaner vid Cold Bay och Fort Randall under projekt Hula.