A vegetação do Saara é geralmente escassa, com concentrações dispersas de gramíneas, arbustos e árvores nas terras altas, em depressões de oásis, e ao longo dos wadis. Várias halófitas (plantas tolerantes ao sal) são encontradas em depressões salinas. Algumas gramíneas tolerantes ao calor e à seca, ervas, pequenos arbustos e árvores são encontradas nas planícies e planaltos menos irrigados do Saara.
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A vegetação do Saara é particularmente notável pelas suas muitas adaptações incomuns à precipitação não confiável. Estas são vistas de várias maneiras na morfologia – incluindo a estrutura radicular, uma ampla gama de adaptações fisiológicas, preferências locais, relações de dependência e afinidade, e estratégias reprodutivas. Muitas das plantas herbáceas são efémeras que podem germinar dentro de três dias após chuvas adequadas e semear as suas sementes dentro de 10 ou 15 dias após a germinação. Abrigadas nos maciços do Saara são povoamentos ocasionais de vegetação relíquia, frequentemente com afinidades mediterrâneas.
Prominentes entre as plantas lenhosas relíquias do altiplano do Saara são espécies de oliveiras, ciprestes e aroeiras. Outras plantas lenhosas encontradas nas terras altas e em outros lugares do deserto incluem espécies de Acacia e Artemisia, palma doum, oleandro, palmeira tâmara e tomilho. Halófitas como a Tamarix senegalensis são encontradas ao longo da zona costeira ocidental. As gramíneas amplamente distribuídas no Saara incluem espécies de Aristida, Eragrostis, e Panicum. O Aeluropus littoralis e outras gramíneas tolerantes ao sal são encontradas ao longo da costa atlântica. Várias combinações de efémeros formam importantes pastagens sazonais chamadas acheb.
No século XXI, o reconhecimento de que o Saara e a sua região fronteiriça a sul, o Sahel, estavam a rastejar para sul devido à desertificação levou a esforços para empatar esse movimento; o mais notável foi a Grande Muralha Verde para o Saara e a Iniciativa do Sahel. A ideia que levou à iniciativa – plantar um “muro” de árvores ao longo das margens do Saara que se estenderia por todo o continente africano a fim de deter a desertificação – foi concebida pela primeira vez em 2005 e foi mais tarde desenvolvida com a ajuda da União Africana e de outras organizações internacionais. Envolveu planos para plantar árvores nativas resistentes à seca numa faixa de 9 milhas (15 quilómetros) de território desde os limites oeste a leste do continente, criando uma barreira para evitar que o deserto invadisse ainda mais as terras a sul.