A Revolução Francesa durou de 1789 até 1799. A Revolução precipitou uma série de guerras europeias, forçando os Estados Unidos a articularem uma política clara de neutralidade para evitar serem envolvidos nestes conflitos europeus. A Revolução Francesa também influenciou a política dos EUA, pois as facções pró e anti-revolucionárias procuraram influenciar a política interna e externa americana.
Quando os primeiros rumores de mudança política na França chegaram às costas americanas em 1789, o público norte-americano ficou bastante entusiasmado. Os americanos esperavam reformas democráticas que solidificassem a aliança franco-americana existente e transformassem a França em um aliado republicano contra a Grã-Bretanha aristocrática e monárquica. Entretanto, com a mudança revolucionária também veio a instabilidade política, a violência e os apelos à mudança social radical na França que assustaram muitos americanos. O debate político americano sobre a natureza da Revolução Francesa exacerbou as divisões políticas pré-existentes e resultou no alinhamento da elite política em linhas pró-francesas e pró-britânicas. O secretário de Estado Thomas Jefferson tornou-se o líder do Partido Democrata Republicano pró-Francês que celebrava os ideais republicanos da Revolução Francesa. O secretário do Tesouro Alexander Hamilton liderou o Partido Federalista, que viu a Revolução com ceticismo e procurou preservar os laços comerciais existentes com a Grã-Bretanha. Com os dois membros mais poderosos de seu gabinete fechados na oposição, o presidente George Washington tentou encontrar um equilíbrio entre os dois.
De 1790 a 1794, a Revolução Francesa se tornou cada vez mais radical. Depois que o rei francês Luís XVI foi julgado e executado em 21 de janeiro de 1793, a guerra entre a França e as nações monárquicas Grã-Bretanha e Espanha era inevitável. Estas duas potências se uniram à Áustria e outras nações européias na guerra contra a França revolucionária que já havia começado em 1791. Os Estados Unidos permaneceram neutros, pois tanto os federalistas como os democratas- republicanos viram que a guerra levaria ao desastre econômico e à possibilidade de invasão. Esta política foi dificultada por acções inglesas e francesas de mão pesada. Os britânicos assediaram navios mercantes americanos neutros, enquanto o governo francês enviou um controverso ministro aos Estados Unidos, Edmond-Charles Genêt, cujas violações da política de neutralidade americana envolveram os dois países no caso Cidadão Genêt até sua retirada em 1794.
Em 1794, a Revolução Francesa entrou em sua fase mais violenta, o Terror. Sob invasão estrangeira, o governo francês declarou estado de emergência, e muitos estrangeiros residentes na França foram presos, incluindo o panfletário revolucionário americano Thomas Paine, devido ao seu nascimento britânico. Embora o ministro americano para a França Gouverneur Morris não tenha conseguido a libertação de Paine, Morris pôde interceder com sucesso em nome de muitos outros americanos presos durante o Terror, inclusive os cônsules americanos em Dunquerque, Rouen e Le Havre. Uma vez que o Terror terminou no final de julho de 1794, as prisões terminaram, e Paine, que tinha sido programado para ser executado, foi libertado.
Embora a Revolução Francesa tivesse terminado sua fase radical, os federalistas nos Estados Unidos permaneceram desconfiados da ideologia revolucionária que se infiltrava nos Estados Unidos. Muitos cidadãos franceses, refugiados das revoluções francesa e haitiana, tinham se estabelecido nas cidades americanas e permaneciam politicamente ativos, montando jornais e agitando por suas causas políticas. Um espião francês, Victor Collot, viajou através dos Estados Unidos em 1796, observando as fraquezas da sua fronteira ocidental. Quando uma ruptura nas negociações diplomáticas resultou na Quase-Guerra com a França, o Congresso, controlado pelo federalismo, aprovou uma série de leis conhecidas como Leis sobre Estrangeiros e Sedição, destinadas a conter a dissidência política e limitar a participação política dos imigrantes, facilitando a deportação e prolongando o tempo necessário para a cidadania. Vários radicais políticos foram presos por sedição, incluindo o congressista Matthew Lyon e os editores de jornais James Thompson Callendar e William Duane. Muitos refugiados, sentindo a hostilidade americana, escolheram retornar à França e ao Haiti já que a situação política tinha se acalmado temporariamente em ambos os lugares.
As Leis de Alienígenas e Sedição, originalmente destinadas a evitar um crescimento do sentimento pró-francês, na verdade saíram o tiro pela culatra para os federalistas. Tomados de surpresa por medidas tão extremas, os eleitores oscilaram nas eleições presidenciais de 1800, em vez disso, apoiaram o pró-francês Thomas Jefferson e seu Partido Democrata Republicano, em vez do federalista John Adams, que estava concorrendo à reeleição como presidente. Adams também tinha alienado a ala anti-revolucionária do seu partido ao procurar a paz com a França, cuja revolução já tinha sido encerrada pelo General Napoleão Bonaparte.
Apesar das advertências federalistas de que a eleição de Jefferson traria a revolução para os Estados Unidos, Jefferson optou por se distanciar dos radicais políticos e conquistar os moderados políticos. A revolução na França tinha acabado, e enquanto muitos eleitores americanos simpatizavam com a revolução em abstrato, eles não queriam que as mudanças mais radicais da revolução entrassem em vigor nos Estados Unidos.