Levenscyclus
Tijdens de paartijd vechten de mannetjes vaak met elkaar. Het mannetje en vrouwtje voeren ook een soort parings “dans” uit. Het mannetje achtervolgt het vrouwtje. Uiteindelijk stopt het wijfje, gaat tegenover het mannetje staan en bokst naar hem met haar voorpoten. Op een gegeven moment springt een van de twee rechtop in de lucht en dan springt de ander ook in de lucht. 
De oostelijke katoenstaart paart tussen februari en september. Het vrouwtje bouwt een nest in een depressie in de grond en bekleedt het met zachte materialen en vacht van haar borst. Het vrouwtje bevalt ongeveer een maand na de paring. Ze krijgt één tot negen jongen, maar meestal vier tot vijf jongen. Het vrouwtje voedt de jongen twee keer per dag. De baby’s worden na ongeveer drie weken gespeend en verlaten het nest na ongeveer zeven weken. Het vrouwtje kan enkele uren na de bevalling opnieuw paren. Vrouwtjes kunnen drie of vier nesten per jaar krijgen. Oostelijke katoenstaarten zijn klaar om te paren als ze drie maanden oud zijn.
Gedrag
De oostelijke katoenstaart is solitair en zeer territoriaal. Het is meestal een nachtdier, maar soms komt hij ’s morgens vroeg en in de schemering tevoorschijn en soms overdag op donkere dagen. De oostelijke katoenstaart kan afstanden van 10 tot 15 meter afleggen. Hij gaat soms op zijn achterpoten staan om roofdieren zoals coyotes, vossen, wezels, adelaars en haviken op te sporen. Wanneer een roofdier hem achtervolgt, zal de oostelijke katoenstaart vaak van links naar rechts springen om zijn geurspoor te breken. Hij kan rennen met snelheden tot 15 mijl per uur.