La vegetazione sahariana è generalmente rada, con concentrazioni sparse di erbe, arbusti e alberi negli altipiani, nelle depressioni delle oasi e lungo i wadi. Varie alofite (piante che tollerano il sale) si trovano nelle depressioni saline. Alcune erbe, erbe, piccoli arbusti e alberi che tollerano il calore e la siccità si trovano nelle pianure e negli altipiani meno irrigati del Sahara.
La vegetazione del Sahara è particolarmente degna di nota per i suoi molti adattamenti insoliti alle precipitazioni inaffidabili. Questi sono variamente visti nella morfologia, compresa la struttura delle radici, una vasta gamma di adattamenti fisiologici, preferenze di sito, relazioni di dipendenza e affinità, e strategie riproduttive. Molte delle piante erbacee sono effimere che possono germinare entro tre giorni di pioggia adeguata e seminare i loro semi entro 10 o 15 giorni dalla germinazione. Al riparo nei massicci sahariani ci sono occasionali stand di vegetazione relitta, spesso con affinità mediterranee.
Prominenti tra le piante legnose relitte degli altopiani sahariani sono specie di olivo, cipresso e lentisco. Altre piante legnose trovate negli altipiani e altrove nel deserto includono specie di Acacia e Artemisia, palma doum, oleandro, palma da dattero e timo. Alofite come Tamarix senegalensis si trovano lungo la zona costiera occidentale. Le erbe ampiamente distribuite nel Sahara includono specie di Aristida, Eragrostis e Panicum. Aeluropus littoralis e altre erbe tolleranti al sale si trovano lungo la costa atlantica. Varie combinazioni di effimere formano importanti pascoli stagionali chiamati acheb.
Nel 21° secolo, il riconoscimento che il Sahara e la sua regione di confine a sud, il Sahel, stavano strisciando verso sud a causa della desertificazione ha portato a sforzi per fermare questo movimento; il più notevole è stato il Grande muro verde per il Sahara e l’iniziativa Sahel. L’idea che ha portato all’iniziativa – piantare un “muro” di alberi lungo i bordi del Sahara che si estenderebbe attraverso il continente africano per fermare l’ulteriore desertificazione – è stata concepita per la prima volta nel 2005 ed è stata poi ulteriormente sviluppata con l’assistenza dell’Unione africana e di altre organizzazioni internazionali. Si trattava di piantare alberi nativi resistenti alla siccità in una fascia di territorio di 15 chilometri di larghezza, dai bordi occidentali a quelli orientali del continente, creando una barriera per impedire al deserto di invadere ulteriormente le terre a sud.