Nel 1920, il Jones Act richiedeva che le navi battenti bandiera statunitense fossero costruite negli Stati Uniti, di proprietà di cittadini statunitensi e documentate secondo le leggi degli Stati Uniti. Tutte le merci che entravano o uscivano dall’Alaska dovevano essere trasportate da vettori americani e spedite a Seattle prima di ulteriori spedizioni, rendendo l’Alaska dipendente dallo stato di Washington. La Corte Suprema degli Stati Uniti stabilì che la disposizione della Costituzione che dice che uno stato non dovrebbe avere influenza sul commercio di un altro, non era applicabile perché l’Alaska era solo un territorio. I prezzi praticati dalle compagnie di navigazione di Seattle cominciarono ad aumentare per approfittare della situazione.
La Grande Depressione fece calare i prezzi del pesce e del rame, che erano vitali per l’economia dell’Alaska in quel momento. I salari calarono e la forza lavoro diminuì di oltre la metà. Nel 1935, il presidente Franklin D. Roosevelt pensò che gli americani delle aree agricole potessero essere trasferiti nella valle Matanuska-Susitna dell’Alaska per una nuova possibilità di autosostentamento agricolo. I coloni provenivano in gran parte dagli stati del nord, come Michigan, Wisconsin e Minnesota, nella convinzione che solo coloro che erano cresciuti con un clima simile a quello dell’Alaska avrebbero potuto gestire la vita da coloni. La United Congo Improvement Association chiese al presidente di insediare 400 agricoltori afroamericani in Alaska, dicendo che il territorio avrebbe offerto pieni diritti politici, ma il pregiudizio razziale e la convinzione che solo quelli provenienti dagli stati del nord sarebbero stati coloni adatti fecero fallire la proposta.
L’esplorazione e l’insediamento dell’Alaska non sarebbero stati possibili senza lo sviluppo dell’aereo, che permise l’afflusso di coloni nell’interno dello stato, e il rapido trasporto di persone e rifornimenti in tutto. Tuttavia, a causa delle condizioni climatiche sfavorevoli dello stato e dell’alto rapporto tra piloti e popolazione, più di 1.700 siti di relitti di aerei sono sparsi in tutto il suo dominio. Numerosi relitti rintracciano anche le loro origini al rafforzamento militare dello stato durante la seconda guerra mondiale e la guerra fredda.
L’importanza strategica dell’Alaska per gli Stati Uniti divenne più evidente durante la seconda guerra mondiale. Nell’aprile 1942, oltre 200 persone di origine giapponese nel territorio furono rimosse con la forza e inviate in campi di internamento nell’entroterra come risultato dell’Ordine Esecutivo 9066, che autorizzava il governo a sfrattare e internare qualsiasi persona di origine giapponese dalla costa del Pacifico. Dal giugno 1942 all’agosto 1943 i giapponesi invasero gli Stati Uniti attraverso la catena delle isole Aleutine, nella battaglia delle isole Aleutine. Questo segnò la prima volta dalla Guerra del 1812 che il suolo americano fu occupato da un nemico straniero. I giapponesi furono infine respinti dalle isole Aleutine da una forza di 34.000 truppe americane.
Nella primavera e nell’estate del 1945, Cold Bay nella penisola dell’Alaska fu il luogo del più grande e ambizioso programma di trasferimento della seconda guerra mondiale, il Progetto Hula, in cui gli Stati Uniti trasferirono 149 navi e imbarcazioni all’Unione Sovietica e addestrarono 12.000 personale sovietico al loro funzionamento in previsione dell’entrata in guerra dell’Unione Sovietica contro il Giappone. In qualsiasi momento, circa 1.500 persone americane erano a Cold Bay e Fort Randall durante il Progetto Hula.