A szaharai növényzet általában gyér, elszórtan találhatók fűfélék, cserjék és fák a hegyvidéken, az oázisok mélyedéseiben és a wadisok mentén. A sós mélyedésekben különböző halofiták (sótűrő növények) találhatók. Néhány hő- és szárazságtűrő fű, fűszernövény, kisebb cserje és fa található a Szahara kevésbé öntözött síkságain és fennsíkjain.
A Szahara növényzete különösen figyelemre méltó a megbízhatatlan csapadékhoz való számos szokatlan alkalmazkodása miatt. Ezek különbözőképpen mutatkoznak meg a morfológiában – beleértve a gyökérszerkezetet, a fiziológiai alkalmazkodások széles skáláját, a termőhelyi preferenciákat, a függőségi és rokonsági kapcsolatokat, valamint a szaporodási stratégiákat. A lágyszárú növények közül sokan efemer növények, amelyek a megfelelő csapadékot követő három napon belül kicsírázhatnak, és magjaikat a csírázást követő 10-15 napon belül elvetik. A szaharai hegyvonulatokban védett helyenként reliktum növényzetű, gyakran mediterrán rokonságú állományok találhatók.
A szaharai hegyvidék reliktum fás növényei közül kiemelkednek az olajfa, a ciprus és a masztix fafajok. A fennsíkon és a sivatag más részein megtalálható egyéb fás növények közé tartoznak az akác és az Artemisia fajok, a doum pálma, az oleander, a datolyapálma és a kakukkfű. A nyugati parti zóna mentén olyan halofitonok találhatók, mint a Tamarix senegalensis. A Szaharában széles körben elterjedt fűfélék közé tartoznak az Aristida, Eragrostis és Panicum fajok. Az Aeluropus littoralis és más sótűrő fűfélék az Atlanti-óceán partvidéke mentén találhatók. Az efemer növények különböző kombinációi fontos szezonális legelőket alkotnak, amelyeket achebnek neveznek.
A 21. században annak felismerése, hogy a Szahara és a déli határvidék, a Száhel, az elsivatagosodás miatt dél felé kúszik, olyan erőfeszítésekhez vezetett, amelyek célja e mozgás megállítása; a legjelentősebb a Nagy Zöld Fal a Szaharáért és a Száhelért kezdeményezés volt. A kezdeményezéshez vezető ötlet – egy, az afrikai kontinensen átívelő, a Szahara széle mentén húzódó, fákból álló “fal” ültetése a további elsivatagosodás megállítása érdekében – először 2005-ben született meg, majd később az Afrikai Unió és más nemzetközi szervezetek segítségével továbbfejlesztették. A tervek szerint szárazságtűrő őshonos fákat ültetnének egy 9 mérföld (15 kilométer) széles sávban a kontinens nyugati és keleti szélétől a keleti széléig, hogy akadályozzák a sivatag további térhódítását a tőle délre fekvő területeken.
Ez egy olyan gátat jelentene, amely megakadályozná a sivatag további térhódítását a tőle délre fekvő területeken.