A Mátrixban Neo korán megtudja, hogy az általa ismert élete egy illúzió volt, egy számítógép által generált világ, amely meghaladja mindazt, amit még a saját számítógépes hacker érzéke is képes felfogni. Gyorsan túlteszi magát a sokkon, és elvállalja a feladatot, hogy másokat is megszabadítson a rájuk kényszerített virtuális sorstól. Neo útja a megvilágosodáshoz gyors és zökkenőmentes. Azok keresik fel, akik már megértették az igazságot, és választási lehetőséget kap, hogy megtanulja az igazságot, vagy visszatérjen a hamis életbe. A vörös pirulát választja – a választást, amely felnyitja a szemét, és lusta hackerből az univerzum hősévé változtatja. Neo sosem mutat sok érzelmet, és növekvő önbizalmáról főleg az egyre megdöbbentőbb és ügyesebb harci mozdulataiból kapunk képet.
Amint elfogadja szerepét, Neo a trilógia krisztusi figurájává válik. Morpheus, az Orákulum és a Matrixtrilógia más szereplői Neót “az Egyetlen”-nek nevezik, és biztosak benne, hogy ő az az ember, aki felszabadítja és megmenti őket. Számos párhuzam létezik Neo és Krisztus között. Neo a Mátrix végén feltámad a halálból, ami megerősíti az emberi faj megmentőjének szerepét. Krisztus egyszerre volt földi és isteni, és Neo, miután teljesen megérti, hogy ki is ő valójában, látja, hogy a Mátrix kódja mindent elborít körülötte, ami azt mutatja, hogy ő maga is képes túllépni a birodalmak közötti megosztottságon. Még Neo Mátrixbeli neve, Thomas Anderson is párhuzamot mutat Krisztussal. Az “Anderson” szó szerint azt jelenti, hogy “az ember fia”, és ezt a kifejezést Krisztus leírására használják az evangéliumokban. A “Thomas” a tanítvány Tamás újszövetségi alakjára utal, aki addig nem hisz Krisztus feltámadásában, amíg nem látja a saját szemével a bizonyítékot. Neo ugyanezt a kapcsolatot teremti meg a hit és a látás között, és addig kételkedik önmagában és képességeiben, amíg ténylegesen nem kezd tapasztalatokat gyűjteni. Neo valójában nem Krisztust képviseli, de ezek a sugallt kapcsolatok felemelik a filmekben betöltött szerepét, és aláhúzzák azt a fontos szerepet, amelyet az emberi faj megmentéséért folytatott harcban játszik.