Saharan kasvillisuus on yleensä niukkaa, ja ruohoja, pensaita ja puita on hajallaan ylängöillä, keitaiden syvänteissä ja wadien varrella. Erilaisia halofyyttejä (suolaa sietäviä kasveja) esiintyy suolaisissa painanteissa. Joitakin lämpöä ja kuivuutta sietäviä ruohoja, yrttejä, pieniä pensaita ja puita esiintyy Saharan heikommin kastelluilla tasangoilla ja tasangoilla.
© Guenter Fischer/Getty Images
Saharan kasvillisuus on erityisen huomionarvoista monien epätavallisten sopeutumistensa vuoksi epäluotettaviin sademääriin. Nämä näkyvät monin tavoin morfologiassa – mukaan lukien juurirakenne, laaja valikoima fysiologisia sopeutumisia, kasvupaikan mieltymykset, riippuvuus- ja sukulaisuussuhteet sekä lisääntymisstrategiat. Monet ruohovartisista kasveista ovat lyhytaikaisia kasveja, jotka saattavat itää kolmen päivän kuluessa riittävästä sateesta ja kylvää siemenensä 10-15 päivän kuluessa itämisestä. Saharan ylängöillä on suojassa satunnaisia jäännöskasvillisuuden kasvustoja, joilla on usein välimerellisiä sukulaisuussuhteita.
Saharan ylängön jäännöspuuvartisten kasvien joukossa korostuvat oliivi-, sypressi- ja mastiksipuulajit. Muita ylängöillä ja muualla aavikolla esiintyviä puuvartisia kasveja ovat akaasia- ja artemisia-lajeja, doum-palmu, oleanteri, taatelipalmu ja timjami. Halofyyttejä, kuten Tamarix senegalensis, esiintyy läntisellä rannikkovyöhykkeellä. Saharassa laajalti esiintyviä ruohoja ovat muun muassa Aristida-, Eragrostis- ja Panicum-lajit. Aeluropus littoralis ja muita suolaa sietäviä ruohoja esiintyy Atlantin rannikolla. Erilaiset lyhytikäisten heinäkasvien yhdistelmät muodostavat tärkeitä kausilaitumia, joita kutsutaan nimellä acheb.
2000-luvulla Saharan ja sen eteläpuolisen raja-alueen, Sahelin, aavikoitumisen vuoksi etelään suuntautuvan aavikoitumisen havaitseminen johti ponnisteluihin, joilla pyritään pysäyttämään aavikoituminen; merkittävimpänä esimerkkinä mainittakoon Suuri vihreä muuri Saharaan ja Saheliin -aloite (Great Green Wall for the Sahara and Sahel Initiative). Aloitteeseen johtanut ajatus, jonka mukaan Saharan reunoille istutetaan puista koostuva ”muuri”, joka ulottuu koko Afrikan mantereen halki aavikoitumisen pysäyttämiseksi, syntyi ensimmäisen kerran vuonna 2005, ja sitä kehitettiin myöhemmin edelleen Afrikan unionin ja muiden kansainvälisten järjestöjen avustuksella. Suunnitelmissa oli istuttaa kuivuutta kestäviä paikallisia puita 15 kilometriä (9 mailia) leveälle alueelle mantereen länsi- ja itäreunoilta. Näin luotaisiin este, joka estäisi aavikkoa tunkeutumasta entisestään sen eteläpuolella oleville alueille.