Ihmisten aiheuttamat eli antropogeeniset toimet ovat merkittäviä uhkia koralliriutoille. Saastuminen, liikakalastus, tuhoisat kalastuskäytännöt, joissa käytetään dynamiittia tai syanidia, elävien korallien kerääminen akvaariomarkkinoille, korallien louhiminen rakennusmateriaaleiksi ja ilmaston lämpeneminen ovat joitakin niistä monista tavoista, joilla ihmiset vahingoittavat riuttoja kaikkialla maailmassa päivittäin.
Yksi merkittävimmistä riuttoja uhkaavista tekijöistä on saastuminen. Maalta tuleva valuma ja saastepäästöt voivat olla seurausta ruoppauksista, rannikoiden kehittämisestä, maatalous- ja metsänhakkuutoimista sekä jätevedenpuhdistamotoiminnasta. Hulevedet voivat sisältää sedimenttejä, ravinteita, kemikaaleja, hyönteismyrkkyjä, öljyä ja roskia.
Joidenkin epäpuhtauksien joutuessa veteen ravinnepitoisuudet voivat nousta, mikä edistää levien ja muiden organismien nopeaa kasvua, joka voi tukahduttaa koralleja.
Koralliriuttoihin vaikuttavat myös vuotavat polttoaineet, kiinnittymisenestomaalit ja -pinnoitteet sekä muut veteen joutuvat kemikaalit. Öljyvuodot eivät aina näytä vaikuttavan suoraan koralleihin, koska öljy pysyy yleensä lähellä veden pintaa ja suuri osa siitä haihtuu ilmakehään muutamassa päivässä. Jos öljyvahinko kuitenkin tapahtuu korallien kutuaikana, munat ja siittiöt voivat vahingoittua, kun ne kelluvat lähellä pintaa ennen hedelmöittymistään ja asettumistaan. Sen lisäksi, että öljyvahingot heikentävät veden laatua, öljyvahingot voivat häiritä korallien lisääntymismenestystä, jolloin ne ovat alttiita muunlaisille häiriöille.
Monilla alueilla koralliriuttoja tuhoutuu, kun korallipäitä ja kirkkaanvärisiä riuttakaloja kerätään akvaario- ja korukauppaa varten. Varomattomat tai kouluttamattomat sukeltajat voivat talloa hauraita koralleja, ja monet kalastustekniikat voivat olla tuhoisia. Räjähdyskalastuksessa räjäytetään dynamiittia tai muita raskaita räjähdysaineita kalojen hätyyttämiseksi piilopaikoistaan. Tämä käytäntö tappaa umpimähkään muita lajeja ja voi murskata ja rasittaa koralleja niin paljon, että ne irrottavat zooxanthellae-kasvustojaan. Tämän seurauksena suuria osia riutoista voi tuhoutua. Myös syanidikalastus, jossa syanidia suihkutetaan tai kaadetaan riutoille elävien kalojen tainnuttamiseksi ja pyydystämiseksi, tappaa korallipolyppeja ja heikentää riuttojen elinympäristöä. Räjähdyskalastuksesta kärsii yli 40 maata, ja yli 15 maata on ilmoittanut syanidikalastuksesta.
Muita vahingollisia kalastustekniikoita ovat syvänmeren troolaus, jossa kalaverkkoa vedetään merenpohjaa pitkin, ja muro-ami-verkkokalastus, jossa riuttoja lyödään painotetuilla pusseilla kalojen hätyyttelemiseksi ulos raoista. Usein roskiksi jääneet kalaverkot voivat olla ongelmallisia aaltojen häiritsemillä alueilla. Matalassa vedessä elävät korallit sotkeutuvat näihin verkkoihin ja repeytyvät irti tyvestään. Lisäksi kalastusaluksista riutoille pudotetut ankkurit voivat rikkoutua ja tuhota korallipesäkkeitä.
Kasvihuonekaasujen lisääntyminen, joka johtuu muun muassa metsäkadosta ja fossiilisten polttoaineiden polttamisesta lämpöä ja energiaa varten, aiheuttaa merten lämpötilan nousua, muuttaa myrskymalleja ja edistää merenpinnan nousua. Nämä muutokset johtavat korallien valkaisutapahtumien lisääntymiseen, myrskytuhojen lisääntymiseen ja muuhun.
Koralliriutoille karilleajetut laivat voivat aiheuttaa riutoille välitöntä ja pitkäaikaista vahinkoa. Lue lisää ja katso suurempi kuva.
Saastuminen voi vahingoittaa riuttoja monin tavoin. Tämän muovipussin kaltaiset roskat voivat nopeasti takertua koralliin ja tukahduttaa sen. Lue lisää ja katso isompi kuva.
Tietyillä kalastustyypeillä voidaan vahingoittaa riuttoja vakavasti. Troolarit pyydystävät kaloja vetämällä verkkoja merenpohjaa pitkin. Verkon tiellä olevat riutat niitetään alas. Jäljelle jäävät vain pitkät, laajat raunioista ja hiekasta koostuvat laikut.