Tausta:
Tammikuussa 1991 syrjäytettiin SIAD BARREn hallinto, jota seurasi yhdeksän vuoden ajan sekasorto, ryhmittymien taistelut ja anarkia. Toukokuussa 1991 pohjoiset klaanit julistautuivat itsenäiseksi Somalimaan tasavallaksi, johon nyt kuuluvat Awdalin, Woqooyi Galbeedin, Togdheerin, Sanaagin ja Soolin hallintoalueet. Vaikka mikään hallitus ei ole tunnustanut tätä kokonaisuutta, se on säilyttänyt vakaan olemassaolonsa hallitsevan klaanin ylivoimaisen ylivallan ja brittiläisten, venäläisten ja amerikkalaisten sotilaallisten avustusohjelmien jälkeensä jättämän taloudellisen infrastruktuurin tukemana.
Barin ja Nugaalin alueet muodostavat viereisen itse julistautuneen Puntmaan tasavallan, joka on myös edistynyt laillisen ja edustuksellisen hallinnon jälleenrakentamisessa. Vuonna 1993 alkanut kaksivuotinen YK:n humanitaarinen toiminta (pääasiassa etelässä) pystyi lievittämään nälänhätäoloja, mutta kun YK vetäytyi vuonna 1995, järjestys ei ollut vieläkään palautunut, koska se oli kärsinyt huomattavia tappioita.
Artassa Djiboutissa perustettiin lokakuussa 2000 kansallinen siirtymähallitus, johon osallistui laaja edustus Somalian klaaneista. Siirtymäkauden siirtymäkauden hallituksella on kolmen vuoden mandaatti luoda pysyvä kansallinen somalihallitus. Siirtymäkauden hallitus ei tunnusta Somalimaata eikä Puntmaata itsenäisiksi tasavalloiksi, mutta se ei ole toistaiseksi kyennyt yhdistämään niitä etelän epävakaiden alueiden kanssa; lukuisat sotapäälliköt ja ryhmittymät taistelevat edelleen Mogadishun ja muiden eteläisten alueiden hallinnasta.
Siirtymäkauden liittohallitus (TFG) on ollut syvästi jakautunut heti perustamisestaan lähtien, ja joulukuun 2006 loppupuolelle asti se hallitsi vain Baidoan kaupunkia.
Kesäkuussa 2006 islamilaisten tuomioistuinten korkeimpana neuvostona (Supreme Council of Islamic Courts, SCIC) tunnettu papiston, yritysjohtajien ja islamilaisen hovin puolisotilaallisten joukkojen löyhä liittouma kukisti vaikutusvaltaiset Mogadishun sotapäälliköt ja otti pääkaupungin hallintaansa. Tuomioistuimet jatkoivat laajentumistaan levittäen vaikutusvaltaansa suureen osaan Etelä-Somaliaa ja uhaten kaataa TFG:n Baidoassa.
Etiopian ja siirtymäkauden liittovaltion hallituksen joukot, jotka olivat huolissaan epäillyistä yhteyksistä joidenkin SCIC:n ryhmittymien ja al-Qaidan välillä, ajoivat SCIC:n pois vallasta joulukuun 2006 lopulla, mutta yhteiset joukot jatkavat edelleen taistelua SCIC:n puolisotilaallisten joukkojen jäänteitä vastaan Somalian lounaiskulmassa lähellä Kenian rajaa. Etiopian joukkojen tukema siirtymäkauden liittovaltion hallitus siirtyi joulukuun 2006 lopulla Mogadishuun, mutta se kamppailee edelleen saadakseen pääkaupungin hallintaansa ja estääkseen sotapäälliköiden vallan paluun, joka oli tyypillistä Mogadishussa ennen SCIC:n nousua.
Tammikuussa 2009 siirtymäkauden liittovaltion hallituksen ja Sudanin armeijan yhtenäishallituksen muodostamisen jälkeen Etiopian sotilasjoukot, jotka olivat saapuneet Somaliaan joulukuussa 2006 tukemaan siirtymäkauden liittovaltion hallitusta oppositiossa olevan Islamilaisten tuomioistuinten liiton (ICU) etenemisen vuoksi, vetäytyivät maasta. TFP:n koko kaksinkertaistui 550 paikkaan, kun parlamenttiin lisättiin 200 ARS:n ja 75 kansalaisyhteiskunnan jäsentä. Laajentunut parlamentti valitsi tammikuussa 2009 presidentiksi ICU:n ja ARS:n entisen puheenjohtajan Sheikh SHARIF Sheikh Ahmedin.
Vuoden 2012 jälkeen, jolloin uusi kansainvälisesti tuettu hallitus asetettiin virkaan, Somalia on edennyt hitaasti kohti vakautta, mutta sen viranomaiset kohtaavat edelleen haasteita Al-Qaidaan liittoutuneiden Al-Shabab-kapinallisten taholta. Vaikka al-Shabab on syrjäytetty suurimmasta osasta keskeisiä linnakkeitaan Etelä- ja Keski-Somaliassa, se jatkaa tappavia sissihyökkäyksiä Somalian hallitusta ja Afrikan unionin joukkoja vastaan suuressa osassa Afrikan sarvessa sijaitsevaa maata.