Tässä vaiheessa kuvaan astuu Le Duan, kommunistiveteraani, joka oli johtanut puolueen sotaa etelässä ranskalaisia vastaan. Genevestä lähtien hän oli maalannut synkkää kuvaa siitä, mitä 17. leveyspiirin alapuolella tapahtui: Diem ja amerikkalaiset eivät olleet ainoastaan hylänneet ajatusta vaalien järjestämisestä, vaan Diemin sortotoimet tuhosivat myös sen vähän, mitä puolueen eteläisestä verkostosta oli jäljellä. Vaikka Hanoin johtajat epäröivät sodan aloittamista uudelleen suoraan, koska he olivat epävarmoja Kiinan ja Neuvostoliiton tuesta ja olivat huolissaan siitä, että amerikkalaiset lähettäisivät joukkoja, vuonna 1959 Le Duan sai puolueen vakuuttuneeksi siitä, että etelään oli puututtava epäsuorasti tai vaarana oli, että se menetettäisiin lopullisesti.
Tällä uudella strategialla aktivoitiin uudelleen Ho Chi Minhin polku, jonka tarkoituksena oli tuoda etelään tuhansia hallintovirkamiehiä (useimmat heistä olivat Geneven jäljiltä pohjoisemmaksi lähetettyjä syntyperäisiä etelän asukkaita). He muodostivat kilpailevan eteläisen protovaltion vuonna 1960 perustetun Kansallisen vapautusrintaman muodossa, jota suojasivat Kansan vapautusarmeijan asevoimat (People’s Liberation Armed Forces) – mikä tuli tunnetuksi sen vihollisten keskuudessa nimellä Vietkong. Samana vuonna Le Duan otti puolueen johtoonsa. Hän aktivoi uudelleen Etelä-Vietnamin keskustoimiston johtamaan tätä epäsuoraa sisällissotaa Diemin valtion kaatamiseksi ja maan yhdistämiseksi Hanoin ehdoilla ennen kuin amerikkalaiset ehtivät puuttua asiaan.
Rinnakkaiset, suorat sodat
Diem kyllä kaatui, mutta ei hänen valtionsa. Vuonna 1963 Kennedyn hallinto seurasi järkyttyneenä, kun N.L.F. laajensi huomattavasti valtaansa maaseudulla. Diemin puolivillaiset vastakapinahankkeet, jotka pakottivat miljoonia talonpoikia strategisiin kyläpaikkoihin, sekä hänen armottomat hyökkäyksensä ei-kommunistisia vastustajia vastaan loivat tulikuumaa tyytymättömyyttä, josta kapinalliset kukoistivat. Kesäkuussa 1963 buddhalaismunkki polttomurtautui Saigonin keskustassa protestiksi. Etelä-Vietnamilaiset kenraalit olivat huolissaan siitä, että Diemin politiikka pelasi kommunistien käsiin, ja pyysivät amerikkalaisia tukemaan suunnitelmaa presidentin syrjäyttämiseksi. Kennedyn Valkoinen talo hyväksyi sen, ja 2. ja 3. marraskuuta 1963 sotilasvallankaappaus syrjäytti Diemin ja tappoi hänet samalla.
Kysymys oli nyt, puuttuisiko Washington vai Hanoi suoraan asiaan. Vuodesta 1963 alkaen Le Duan ajoi asteittaista, suoraa sotilaallista väliintuloa eli P.A.V.N.-joukkojen lähettämistä etelään. Jotkut, mukaan lukien Vo Nguyen Giap, kehottivat varovaisuuteen ja huomauttivat vaaroista provosoida amerikkalaiset suoraan konfliktiin varsinkin, kun Neuvostoliitto kannatti supervaltojen liennytystä. Le Duan kuitenkin tiesi voivansa luottaa Kiinan Mao Zedongiin, joka suhtautui erittäin kriittisesti Neuvostoliittoon ja sen vallankumouksellisen selkärangattomuuteen. Vuoden 1964 alussa puolue hyväksyi suoran väliintulon etelässä.
Lyndon B. Johnsonin oli myös valittava. Jatkaisiko uusi presidentti Amerikan epäsuoraa sotaa? Leikkaisiko hän maansa tappiot ja lähtisi pois? Vai lähettäisikö hän amerikkalaiset joukot pelastamaan etelää? Le Duanin tavoin Johnson valitsi sodan.
Pleikun amerikkalaiseen helikopteritukikohtaan vuoden 1965 alussa tehdyn hyökkäyksen jälkeen Johnson aloitti jatkuvan ilmasodan vietnamilaisia kohteita vastaan 17. leveyspiirin ylä- ja alapuolella ja antoi luvan laskeutua joukkoja etelään maaliskuussa. Muutamaa kuukautta myöhemmin amerikkalaiset ja P.A.V.N.-joukot ottivat yhteen Ia Drangin ylänkölaaksossa, mikä oli ensimmäinen monista tulevista suurista taisteluista. Se tapahtui samalla alueella, jossa P.A.V.N.-rykmentit olivat kymmenkunta vuotta aiemmin hävittäneet ranskalaisia liikkuvia joukkoja.
Vuoteen 1967 mennessä Vietnamissa oli lähes 500 000 amerikkalaista sotilasta, kun Hanoi lähetti omia poikiaan etelään. Vietnamin 30-vuotisen sodan toinen puolisko oli nyt käynnissä, ja se kostautui raivokkaasti.