Rewolucja francuska trwała od 1789 do 1799 roku. Rewolucja zapoczątkowała serię europejskich wojen, zmuszając Stany Zjednoczone do sformułowania jasnej polityki neutralności, aby uniknąć uwikłania w te europejskie konflikty. Rewolucja francuska wpłynęła również na politykę Stanów Zjednoczonych, ponieważ frakcje pro- i antyrewolucyjne starały się wpłynąć na amerykańską politykę wewnętrzną i zagraniczną.
Kiedy pierwsze pogłoski o zmianach politycznych we Francji dotarły do amerykańskich wybrzeży w 1789 roku, amerykańska opinia publiczna była w dużej mierze entuzjastyczna. Amerykanie mieli nadzieję na demokratyczne reformy, które umocniłyby istniejący sojusz francusko-amerykański i przekształciły Francję w republikańskiego sojusznika przeciwko arystokratycznej i monarchicznej Wielkiej Brytanii. Jednak wraz z rewolucyjnymi zmianami przyszła niestabilność polityczna, przemoc i wezwania do radykalnych zmian społecznych we Francji, które przeraziły wielu Amerykanów. Amerykańska debata polityczna nad naturą rewolucji francuskiej zaostrzyła istniejące wcześniej podziały polityczne i doprowadziła do wyrównania elit politycznych wzdłuż linii profrancuskich i pro-brytyjskich. Sekretarz stanu Thomas Jefferson stanął na czele profrancuskiej Partii Demokratyczno-Republikańskiej, która hołdowała republikańskim ideałom rewolucji francuskiej. Sekretarz skarbu Alexander Hamilton stanął na czele Partii Federalistycznej, która sceptycznie odnosiła się do rewolucji i dążyła do zachowania istniejących więzi handlowych z Wielką Brytanią. Mając dwóch najpotężniejszych członków swojego gabinetu zamkniętych w opozycji, prezydent Jerzy Waszyngton próbował znaleźć równowagę między nimi.
Od 1790 do 1794 roku rewolucja francuska stawała się coraz bardziej radykalna. Po tym, jak francuski król Ludwik XVI został osądzony i stracony 21 stycznia 1793 roku, wojna między Francją a monarchicznymi narodami Wielkiej Brytanii i Hiszpanii była nieunikniona. Te dwie potęgi dołączyły do Austrii i innych narodów europejskich w wojnie przeciwko rewolucyjnej Francji, która rozpoczęła się już w 1791 roku. Stany Zjednoczone pozostały neutralne, ponieważ zarówno Federaliści, jak i Demokratyczni Republikanie uważali, że wojna doprowadzi do katastrofy gospodarczej i możliwości inwazji. Politykę tę utrudniały ostre działania Brytyjczyków i Francuzów. Brytyjczycy nękali neutralne amerykańskie statki handlowe, podczas gdy rząd francuski wysłał do Stanów Zjednoczonych kontrowersyjnego ministra, Edmonda-Charlesa Genęta, którego naruszenia amerykańskiej polityki neutralności uwikłały oba kraje w Aferę Obywatela Genęta, aż do jego odwołania w 1794 r.
W 1794 r. rewolucja francuska weszła w swoją najbardziej gwałtowną fazę, Terror. Pod obcą inwazją, rząd francuski ogłosił stan wyjątkowy, a wielu obcokrajowców przebywających we Francji zostało aresztowanych, w tym amerykański pamflecista rewolucyjny Thomas Paine, dzięki swojemu brytyjskiemu urodzeniu. Chociaż minister USA we Francji Gouverneur Morris nie był w stanie doprowadzić do uwolnienia Paine’a, udało mu się skutecznie wstawić w imieniu wielu innych Amerykanów uwięzionych w czasie terroru, w tym amerykańskich konsulów w Dunkierce, Rouen i Hawrze. Gdy Terror zakończył się pod koniec lipca 1794 roku, aresztowania ustały, a Paine, który miał być stracony, został uwolniony.
Pomimo że Rewolucja Francuska zakończyła swoją radykalną fazę, federaliści w Stanach Zjednoczonych nadal obawiali się przenikania ideologii rewolucyjnej do Stanów Zjednoczonych. Wielu obywateli francuskich, uchodźców z rewolucji francuskiej i haitańskiej, osiedliło się w amerykańskich miastach i pozostało aktywnych politycznie, zakładając gazety i agitując za swoimi sprawami politycznymi. Francuski szpieg, Victor Collot, podróżował po Stanach Zjednoczonych w 1796 roku, zauważając słabe punkty na ich zachodniej granicy. Kiedy załamanie się negocjacji dyplomatycznych doprowadziło do quasi-wojny z Francją, kontrolowany przez federalistów Kongres uchwalił serię ustaw znanych jako Alien and Sedition Acts, mających na celu ukrócenie politycznego sprzeciwu i ograniczenie udziału imigrantów w życiu politycznym poprzez ułatwienie deportacji i wydłużenie czasu potrzebnego do uzyskania obywatelstwa. Wielu radykałów politycznych zostało aresztowanych za podburzanie, w tym kongresman Matthew Lyon oraz redaktorzy gazet James Thompson Callendar i William Duane. Wielu uchodźców, wyczuwając wrogość Amerykanów, zdecydowało się na powrót do Francji i na Haiti, ponieważ sytuacja polityczna w obu tych miejscach chwilowo się uspokoiła.
Akty Obcych i Potępienia, które pierwotnie miały zapobiec wzrostowi nastrojów profrancuskich, w rzeczywistości obróciły się przeciwko federalistom. Zaskoczeni tak ekstremalnymi środkami wyborcy w wyborach prezydenckich w 1800 roku poparli profrancuskiego Thomasa Jeffersona i jego Partię Demokratyczno-Republikańską, a nie federalistę Johna Adamsa, który ubiegał się o reelekcję na prezydenta. Adams również zraził do siebie antyrewolucyjne skrzydło swojej partii, dążąc do pokoju z Francją, której rewolucja została już zakończona przez generała Napoleona Bonaparte.
Mimo ostrzeżeń federalistów, że wybór Jeffersona spowoduje rewolucję w Stanach Zjednoczonych, Jefferson zdecydował się zdystansować od politycznych radykałów i pozyskać politycznych umiarkowanych. Rewolucja we Francji dobiegała końca i choć wielu amerykańskich wyborców sympatyzowało z rewolucją w abstrakcji, nie chcieli, by najbardziej radykalne zmiany rewolucji zostały wprowadzone w życie w Stanach Zjednoczonych.