De Franse Revolutie duurde van 1789 tot 1799. De Revolutie veroorzaakte een reeks Europese oorlogen, waardoor de Verenigde Staten zich genoodzaakt zagen een duidelijk neutraliteitsbeleid te voeren om niet in deze Europese conflicten verwikkeld te raken. De Franse Revolutie beïnvloedde ook de Amerikaanse politiek, omdat pro- en anti-revolutionaire groeperingen probeerden de Amerikaanse binnenlandse en buitenlandse politiek te beïnvloeden.
Toen in 1789 de eerste geruchten over politieke veranderingen in Frankrijk de Amerikaanse kusten bereikten, was het Amerikaanse publiek overwegend enthousiast. De Amerikanen hoopten op democratische hervormingen die de bestaande Frans-Amerikaanse alliantie zouden verstevigen en Frankrijk zouden omvormen tot een republikeinse bondgenoot tegen het aristocratische en monarchische Groot-Brittannië. Maar met de revolutionaire verandering kwamen ook politieke instabiliteit, geweld en oproepen tot radicale sociale veranderingen in Frankrijk, die veel Amerikanen beangstigden. Het Amerikaanse politieke debat over de aard van de Franse Revolutie verscherpte de reeds bestaande politieke verdeeldheid en leidde tot een afstemming van de politieke elite op pro-Franse en pro-Britse lijnen. Minister van Buitenlandse Zaken Thomas Jefferson werd de leider van de pro-Franse Democratisch-Republikeinse Partij die de republikeinse idealen van de Franse Revolutie huldigde. Secretaris van de Schatkist Alexander Hamilton leidde de Federalistische Partij, die de Revolutie met scepsis bekeek en ernaar streefde de bestaande handelsbetrekkingen met Groot-Brittannië in stand te houden. Met de twee machtigste leden van zijn kabinet tegenover elkaar, probeerde president George Washington een evenwicht tussen de twee te vinden.
Van 1790 tot 1794 werd de Franse Revolutie steeds radicaler. Nadat de Franse koning Lodewijk XVI op 21 januari 1793 was berecht en geëxecuteerd, was een oorlog tussen Frankrijk en de monarchale naties Groot-Brittannië en Spanje onvermijdelijk. Deze twee mogendheden sloten zich aan bij Oostenrijk en andere Europese naties in de oorlog tegen het revolutionaire Frankrijk die al in 1791 was begonnen. De Verenigde Staten bleven neutraal, omdat zowel de Federalisten als de Democratisch-Republikeinen inzagen dat oorlog zou leiden tot een economische ramp en de mogelijkheid van een invasie. Dit beleid werd bemoeilijkt door hardhandig Brits en Frans optreden. De Britten vielen neutrale Amerikaanse koopvaardijschepen lastig, terwijl de Franse regering een omstreden minister naar de Verenigde Staten stuurde, Edmond-Charles Genêt, wiens schendingen van de Amerikaanse neutraliteitspolitiek de twee landen in de Citizen Genêt Affaire bracht tot zijn terugroeping in 1794.
In 1794 kwam de Franse Revolutie in haar meest gewelddadige fase, de Terreur. Onder buitenlandse invasie kondigde de Franse regering de noodtoestand af, en veel buitenlanders die in Frankrijk verbleven werden gearresteerd, waaronder de Amerikaanse revolutionaire pamflettist Thomas Paine, vanwege zijn Britse geboorte. Hoewel de Amerikaanse minister in Frankrijk, Gouverneur Morris, er niet in slaagde Paine vrij te krijgen, kon Morris wel met succes bemiddelen namens vele andere Amerikanen die tijdens de Terreur gevangen zaten, waaronder de Amerikaanse consuls in Duinkerken, Rouen en Le Havre. Toen de Terreur eind juli 1794 eindigde, werden de arrestaties beëindigd en werd Paine, die geëxecuteerd zou worden, vrijgelaten.
Hoewel de Franse Revolutie haar radicale fase had beëindigd, bleven de Federalisten in de Verenigde Staten op hun hoede voor het infiltreren van revolutionaire ideologieën in de Verenigde Staten. Veel Franse burgers, vluchtelingen van de Franse en Haïtiaanse revoluties, hadden zich in Amerikaanse steden gevestigd en bleven politiek actief, richtten kranten op en zetten zich in voor hun politieke doelen. Een Franse spion, Victor Collot, reisde in 1796 door de Verenigde Staten en merkte de zwakke punten in de westelijke grens op. Toen een mislukking in de diplomatieke onderhandelingen uitmondde in een quasi-oorlog met Frankrijk, nam het door de Federalisten gecontroleerde Congres een reeks wetten aan die bekend stonden als de Alien and Sedition Acts, bedoeld om politieke dissidentie aan banden te leggen en de politieke participatie van immigranten te beperken door uitzetting te vergemakkelijken en de tijd die nodig was om staatsburgerschap te verkrijgen te verlengen. Een aantal politieke radicalen werd gearresteerd wegens opruiing, onder wie Congreslid Matthew Lyon en de krantenredacteuren James Thompson Callendar en William Duane. Veel vluchtelingen, die Amerikaanse vijandigheid voelden, kozen ervoor terug te keren naar Frankrijk en Haïti omdat de politieke situatie daar tijdelijk tot rust was gekomen.
De Alien and Sedition Acts, oorspronkelijk bedoeld om een toename van pro-Franse sentimenten te voorkomen, hadden in feite een averechts effect voor de Federalisten. Geschokt door zulke extreme maatregelen steunden de kiezers bij de presidentsverkiezingen van 1800 de pro-Franse Thomas Jefferson en zijn Democratisch-Republikeinse Partij, in plaats van de Federalist John Adams, die zich herkiesbaar stelde als president. Adams had ook de anti-revolutionaire vleugel van zijn partij van zich vervreemd door te streven naar vrede met Frankrijk, waar de revolutie al tot een einde was gebracht door Generaal Napoleon Bonaparte.
Ondanks de waarschuwingen van de Federalisten dat de verkiezing van Jefferson een revolutie zou veroorzaken in de Verenigde Staten, koos Jefferson er in plaats daarvan voor om afstand te nemen van de politieke radicalen en politieke gematigden voor zich te winnen. De revolutie in Frankrijk was voorbij, en hoewel veel Amerikaanse kiezers in abstracte zin sympathiseerden met de revolutie, wilden zij niet dat de meest radicale veranderingen van de revolutie in de Verenigde Staten zouden worden doorgevoerd.