Den filippinske regering er organiseret inden for rammerne af en præsidentiel, repræsentativ og demokratisk republik, hvor præsidenten er både statsoverhoved og regeringschef. Dette system drejer sig om tre separate og suveræne, men dog indbyrdes afhængige grene: den lovgivende gren (det lovgivende organ), den udøvende gren (det lovhåndhævende organ) og den dømmende gren (det lovfortolkende organ). Den udøvende magt udøves af regeringen under ledelse af præsidenten. Den lovgivende magt udøves af både regeringen og kongressen med to kamre – Senatet (det øverste kammer) og Repræsentanternes Hus (det nederste kammer). Den dømmende magt ligger hos domstolene med Filippinernes højesteret som øverste retsinstans.
Den udøvende magt
Den udøvende magt ledes af præsidenten, der fungerer både som statsoverhoved og regeringschef. Præsidenten er også øverstkommanderende for Filippinernes væbnede styrker. Præsidenten vælges ved folkeafstemning for en periode på seks år. Præsidenten udnævner (og kan afskedige) sine kabinetsmedlemmer, som han/hun er formand for. Det udøvende regeringssæde administreres officielt fra Malacañang-paladset – som også er præsidentens officielle bolig – i Manila. Præsidenten kan ikke længere stille op til genvalg, medmindre han/hun bliver præsident ved forfatningsmæssig succession og ikke har siddet i mere end fire år som præsident.
Vicepræsidenten, som er den næsthøjeste embedsmand, er den første i rækken til at overtage posten, hvis præsidenten træder tilbage, bliver anklaget eller dør i embedet. Vicepræsidenten kan normalt, men ikke altid, være medlem af præsidentens kabinet. Hvis vicepræsidentposten er ledig, udnævner præsidenten et hvilket som helst medlem af kongressen (normalt et partimedlem) til ny vicepræsident. Udnævnelsen vil blive bekræftet ved en afstemning med tre fjerdedele af Kongressen, der stemmer separat.
Lovgivningsmagten
Resten af pladserne i Repræsentanternes Hus er udpeget til sektorrepræsentanter, der vælges bredt gennem et komplekst “partiliste”-system, der afhænger af, at partiet får mindst 2-6 % af de nationale stemmer i alt. Overhuset er placeret i Pasay City, mens underhuset er placeret i Quezon City. Distrikts- og sektorrepræsentanterne vælges for en periode på tre år. De kan genvælges, men de kan ikke længere stille op til en fjerde valgperiode i træk. Senatorerne vælges for en periode på seks år. De kan genvælges, men de kan ikke længere stille op til en tredje periode i træk. Repræsentanternes Hus kan vælge at vedtage en resolution om en ledig plads i en lovgivende forsamling, som vil bane vejen for et særligt valg. Vinderen af det ekstraordinære valg vil sidde i den ufuldendte periode for den tidligere distriktsrepræsentant; dette vil blive betragtet som én valgperiode. Den samme regel gælder i Senatet, men den gælder kun, hvis sædet bliver ledigt inden et almindeligt parlamentsvalg.
Domstolens retslige gren
Den retslige gren af regeringen ledes af Højesteret, som har en overdommer som leder og 14 associerede dommere, der alle udnævnes af præsidenten efter indstilling fra Rets- og advokatrådet. Andre retstyper af domstole, med varierende jurisdiktion rundt omkring i øgruppen, er de:
Lower Collegiate Courts
- Court of Appeals
- Court of Tax Appeals
- Sandiganbayan
Regular Courts
- Regional Trial Courts
- Metropolitan Trial Courts
- Municipal Trial Courts
- Municipal Trial Courts in Cities
- Municipal Circuit Trial Courts
Muslim Courts
- Sharia District Courts
- Sharia Circuit Courts