En 1920, la Ley Jones exigía que los barcos con bandera estadounidense fueran construidos en Estados Unidos, fueran propiedad de ciudadanos estadounidenses y estuvieran documentados bajo las leyes de Estados Unidos. Todas las mercancías que entraran o salieran de Alaska debían ser transportadas por transportistas estadounidenses y enviadas a Seattle antes de su posterior envío, lo que hacía que Alaska dependiera del estado de Washington. El Tribunal Supremo de EE.UU. dictaminó que la disposición de la Constitución que dice que un estado no debe tener influencia sobre el comercio de otro no era aplicable porque Alaska era sólo un territorio. Los precios que cobraban las empresas navieras de Seattle empezaron a subir para aprovecharse de la situación.
La Gran Depresión hizo que bajaran los precios del pescado y del cobre, que eran vitales para la economía de Alaska en ese momento. Los salarios bajaron y la mano de obra se redujo a más de la mitad. En 1935, el presidente Franklin D. Roosevelt pensó que los estadounidenses de las zonas agrícolas podían ser trasladados al valle Matanuska-Susitna de Alaska para tener una nueva oportunidad de autosuficiencia agrícola. Los colonos procedían en su mayoría de estados del norte, como Michigan, Wisconsin y Minnesota, bajo la creencia de que sólo aquellos que se habían criado con climas similares al de Alaska podían soportar la vida de colonos allí. La United Congo Improvement Association solicitó al presidente el asentamiento de 400 granjeros afroamericanos en Alaska, alegando que el territorio ofrecería plenos derechos políticos, pero los prejuicios raciales y la creencia de que sólo los de los estados del norte serían colonos adecuados hicieron que la propuesta fracasara.
La exploración y el asentamiento de Alaska no habrían sido posibles sin el desarrollo de la aviación, que permitió la afluencia de colonos al interior del estado, y el rápido transporte de personas y suministros por todo el territorio. Sin embargo, debido a las desfavorables condiciones meteorológicas del estado y a la elevada proporción de pilotos en relación con la población, hay más de 1.700 pecios de aviones repartidos por todo su territorio. Numerosos naufragios también tienen su origen en el desarrollo militar del estado durante la Segunda Guerra Mundial y la Guerra Fría.
La importancia estratégica de Alaska para los Estados Unidos se hizo más evidente durante la Segunda Guerra Mundial. En abril de 1942, más de 200 personas de origen japonés que se encontraban en el territorio fueron desalojadas a la fuerza y enviadas a campos de internamiento en el interior como resultado de la Orden Ejecutiva 9066, que autorizaba al gobierno a desalojar e internar a cualquier persona de ascendencia japonesa de la costa del Pacífico. Desde junio de 1942 hasta agosto de 1943, los japoneses invadieron los Estados Unidos a través de la cadena de las Islas Aleutianas, en la Batalla de las Islas Aleutianas. Esta fue la primera vez desde la Guerra de 1812 que un enemigo extranjero ocupaba suelo estadounidense. Los japoneses fueron finalmente repelidos de las Islas Aleutianas por una fuerza de 34.000 soldados estadounidenses.
En la primavera y el verano de 1945, Cold Bay, en la península de Alaska, fue el lugar donde se llevó a cabo el mayor y más ambicioso programa de transferencia de la Segunda Guerra Mundial, el Proyecto Hula, en el que los Estados Unidos transfirieron 149 buques y embarcaciones a la Unión Soviética y entrenaron a 12.000 personas soviéticas en su manejo en previsión de que la Unión Soviética entrara en la guerra contra Japón. En cualquier momento, alrededor de 1.500 personas estadounidenses se encontraban en Cold Bay y Fort Randall durante el Proyecto Hula.