În 1920, Legea Jones a impus ca navele sub pavilion american să fie construite în Statele Unite, să fie deținute de cetățeni americani și să fie documentate în conformitate cu legile Statelor Unite. Toate mărfurile care intrau sau ieșeau din Alaska trebuiau să fie transportate de transportatori americani și expediate la Seattle înainte de a fi expediate mai departe, ceea ce făcea ca Alaska să fie dependentă de statul Washington. Curtea Supremă a Statelor Unite a hotărât că prevederea din Constituție potrivit căreia un stat nu ar trebui să aibă influență asupra comerțului altuia nu se aplica, deoarece Alaska era doar un teritoriu. Prețurile practicate de afacerile de transport maritim din Seattle au început să crească pentru a profita de situație.
Grea Criză Economică a făcut ca prețurile la pește și cupru, care erau vitale pentru economia Alaskăi la acea vreme, să scadă. Salariile au scăzut, iar forța de muncă s-a redus cu mai mult de jumătate. În 1935, președintele Franklin D. Roosevelt s-a gândit că americanii din zonele agricole ar putea fi transferați în Valea Matanuska-Susitna din Alaska pentru o nouă șansă de autosusținere a agriculturii. Coloniștii proveneau în mare parte din statele nordice, cum ar fi Michigan, Wisconsin și Minnesota, sub convingerea că numai cei care au crescut cu un climat asemănător cu cel din Alaska ar putea face față vieții de colonist acolo. Asociația United Congo Improvement Association i-a cerut președintelui să stabilească 400 de fermieri afro-americani în Alaska, spunând că teritoriul ar oferi drepturi politice depline, dar prejudecățile rasiale și credința că doar cei din statele nordice ar fi coloniști potriviți au făcut ca propunerea să eșueze.
Explorarea și colonizarea Alaskăi nu ar fi fost posibile fără dezvoltarea avioanelor, care au permis afluxul de coloniști în interiorul statului și transportul rapid al oamenilor și al proviziilor în tot acest timp. Cu toate acestea, din cauza condițiilor meteorologice nefavorabile ale statului și a raportului ridicat dintre piloți și populație, peste 1.700 de epave de aeronave sunt împrăștiate pe întregul său domeniu. Numeroase epave își au, de asemenea, originea în consolidarea militară a statului atât în timpul celui de-al Doilea Război Mondial, cât și în timpul Războiului Rece.
Importanța strategică a Alaskăi pentru Statele Unite a devenit mai evidentă în timpul celui de-al Doilea Război Mondial. În aprilie 1942, peste 200 de persoane de origine japoneză din teritoriu au fost îndepărtate cu forța și trimise în lagăre de internare în interiorul țării, ca urmare a Ordinului executiv 9066, care a autorizat guvernul să evacueze și să interneze orice persoană de origine japoneză de pe coasta Pacificului. Din iunie 1942 până în august 1943, japonezii au invadat SUA prin intermediul lanțului insulelor Aleutine, în Bătălia din Insulele Aleutine. Aceasta a marcat prima dată de la Războiul din 1812 când teritoriul american a fost ocupat de un inamic străin. Japonezii au fost în cele din urmă respinși din Insulele Aleutine de o forță de 34.000 de soldați americani.
În primăvara și vara anului 1945, Cold Bay din Peninsula Alaska a fost locul unde s-a desfășurat cel mai mare și mai ambițios program de transferuri din timpul celui de-al Doilea Război Mondial, Proiectul Hula, în cadrul căruia Statele Unite au transferat 149 de nave și ambarcațiuni către Uniunea Sovietică și au instruit 12.000 de membri ai personalului sovietic în operarea acestora, în anticiparea intrării Uniunii Sovietice în războiul împotriva Japoniei. La un moment dat, aproximativ 1.500 de membri ai personalului american se aflau la Cold Bay și Fort Randall în timpul Proiectului Hula.
.