În ciuda trecerii a aproape 30 de ani de la descrierea originală, etiologia bolii Kawasaki (KD) rămâne enigmatică. Ca urmare, diagnosticul bolii continuă să se bazeze pe îndeplinirea criteriilor clinice și pe excluderea altor boli cu simptome și semne similare. Principalele criterii de diagnosticare includ febră cu o durată de 5 zile și prezența a cel puțin patru dintre cele cinci constatări următoare: modificări la nivelul extremităților, exantem polimorf, injecție conjunctivală bilaterală, modificări la nivelul buzelor și al cavității bucale și adenopatie cervicală. În prezența febrei și a modificărilor coronariene sunt necesare mai puțin de patru dintre celelalte criterii clinice pentru a stabili diagnosticul. Bolile cel mai des confundate cu KD includ scarlatina, rujeola, alte exanteme virale și reacții alergice la medicamente sau alți antigeni. Variațiile în prezentarea clinică a KD sunt frecvente și practicienii trebuie să mențină un indice ridicat de suspiciune pentru KD, în special la sugarii cu febră persistentă cu vârsta mai mică de 1 an.
.