No sé cuánto tiempo tienes en total, pero ten en cuenta que no necesariamente tienes que pasar varias noches en cada lugar, sólo se tarda 30 minutos en tren de Bruselas a Gante, 30 más de Gante a Brujas, 1h20 de Brujas a Amberes, y 35-45 minutos de Amberes a Bruselas.
Gante es posiblemente mi ciudad favorita de Bélgica, pero en cierto modo se siente como una combinación de Brujas y Bruselas y está exactamente a medio camino entre ellas. Así que si quieres alojarte en un lugar más diferente a esas 2, quizás quieras hacer de Amberes tu tercera opción. Hay un montón de cosas históricas (la casa de Rubens, la sala de los carniceros, el museo Plantin Moretus.), en particular en las pequeñas calles cerca de la catedral donde encontrarás la última casa de madera que queda en Amberes, y si te gusta la arquitectura art nouveau hay algunas casas bonitas en la zona de Zurenborg (http://www.aviewoncities.com/antwerp/zurenborg.htm).
Creo que el centro histórico (cerca de la Grote Markt y la catedral) sería el mejor lugar para alojarse para caminar a todas partes. Es cierto que en Amberes hay un montón de modernos hoteles de caja, frecuentados por gente de negocios que trabajan en el negocio de los diamantes, la moda y el transporte marítimo (aunque yo no diría que la mayoría de ellos están «fuera de sí» – hay muchos alrededor de la Estación Central), pero podrías considerar el hotel boutique De Witte Lelie o quizás el Rubens: http://www.holidaycityeurope.com/rubens-grote-markt-antwerp/index.htm ; el Hotel Postiljon: http://www.booking.com/hotel/be/hotelpostiljon.en.html ; o (aunque no está en el centro histórico) Rubenshof http://www.rubenshof.be/
Al mismo tiempo, Amberes es un centro de moda y arte contemporáneo de vanguardia, con el museo de la moda Momu y el nuevo e impresionante MAS (Museum aan der Stroom), ver http://www.mas.be/MAS-EN/Publicatiekanalen/Stad/Musea/Musea-MAS/MAS-EN/Startpagina-MAS-EN.html
Por supuesto, si prefieres ir a Gante, también hay muchos lugares para beber cerveza allí (http://beeradvocate.com/beerfly/city/25) y el Castillo de los Condes (Gravensteen) y posiblemente más hoteles en edificios históricos como el Hotel Gravensteen (http://www.gravensteen.be/index.asp?taal=uk) o incluso el Marriott, justo enfrente del Graslei desde donde salen los barcos del canal. Si le apetece algo diferente, también hay un par de hoteles/habitaciones en barcos: http://www.theboatel.com/uk/ y http://www.bed-on-boat.be/ (recuerde que también hay un hotel en barco en Amberes, vea http://www.booking.com/hotel/be/marjorie-ii.en-us.html?dva=0).