ほとんどの卵巣がんの原因はまだ正確にはわかっていませんが、卵巣がんの危険因子で述べたように、女性が上皮性卵巣がんになる確率を高めるいくつかの因子がわかっています。 卵巣間質腫瘍や胚細胞腫瘍の危険因子については、あまり知られていません。
卵巣がんの原因について、最も新しく重要な発見は、卵巣がんは卵管の末端の細胞から始まり、必ずしも卵巣自体で起こるわけではない、ということです。 この最近の情報は、この種のがんの予防と発見に関するさらなる研究調査につながるかもしれません。
卵巣がんの原因については、多くの説があります。 これらの説の中には、卵巣がんのリスクを変化させる要因に着目して生まれたものもあります。 例えば、妊娠や避妊薬によって、卵巣がんのリスクは減少します。 どちらも卵巣から卵子が放出される回数（排卵）を減らすため、排卵と卵巣がんのリスクに何らかの関連があると考える研究者もいます。
さらに、卵管結紮や子宮摘出が卵巣がんのリスクを下げることも分かっています。 その理由として、がんの原因となる物質が膣から体内に入り、子宮や卵管を通過して卵巣に到達することがあるという説がある。
また、男性ホルモン（アンドロゲン）が卵巣がんを引き起こすという説もあります。
卵巣がんと関連する遺伝子の変化
研究者は、DNAの特定の変異（変化）が、正常細胞をがん化させるメカニズムについて大きな進展を遂げています。 DNAは、私たちの細胞が行うほとんどすべてのことの指示を伝える化学構造である。 私たちは通常、両親に似ています。なぜなら、両親は私たちのDNAの源だからです。 しかし、DNAが影響を与えるのは、外見だけではありません。 遺伝子（DNAを構成する粒子）の中には、細胞が成長・分裂するタイミングを正確に制御する命令が含まれているものがあります。 これらの遺伝子に変異（変化）があると、がんの発生につながります。
遺伝性遺伝子変異
卵巣がんのごく一部は、卵巣がんのリスク上昇と関連した遺伝性変異を持つ女性に発生します。 これには、BRCA1またはBRCA2遺伝子の変異や、PTEN（PTEN腫瘍ハマルトマ症候群）、STK11（ポイツ・イェガース症候群）など、卵巣がんのリスク上昇につながる他の家族性がん症候群に関連する遺伝子が含まれます。 MUTYH（MUTYH-associated polyposis）、遺伝性非ポリポーシス大腸癌の原因となる多くの遺伝子（MLH1、MLH3、MSH2、MSH6、TGFBR2、PMS1、PMS2）
遺伝子検査では、これらの遺伝性症候群に関連する変異を検出することが可能です。 乳がんや卵巣がん、甲状腺がんや卵巣がん、大腸がんや子宮内膜がんなど、これらの症候群に関連するがんの家族歴がある場合、遺伝カウンセリングや検査について医師に相談することができます。 米国癌協会では、遺伝子検査を受ける前に、癌の遺伝学について資格のある専門家に相談することを推奨しています。 このテーマについて詳しくは、遺伝とがんをご覧ください。
後天的な遺伝子の変化
卵巣がんに関係する突然変異のほとんどは、遺伝するというよりも、女性の一生の間に起こるもので、後天的な突然変異と呼ばれます。 がんの中には、このようながんの発生につながる突然変異が、放射線やがんの原因となる化学物質の影響である場合がありますが、卵巣がんについてはそのような証拠はありません。 これまでのところ、卵巣癌につながる突然変異を引き起こすことに特に関連する環境または食事中の単一の化学物質を特定する研究は行われていません。 ほとんどの後天性突然変異の原因はまだわかっていません。
ほとんどの卵巣がんには、後天性の突然変異がいくつかあります。 卵巣がんにおけるTP53やHER2などの後天的な変異を特定する検査が、女性の予後を予測するのに役立つ可能性があることが研究で示されました。 これらのテストの役割はまだ不明であり、さらなる研究が必要である。