パナマ運河の構想は16世紀にさかのぼります。
1513年、スペインの探検家バスコ・ヌニェス・デ・バルボアは、パナマ地峡が大西洋と太平洋を隔てる細い陸橋に過ぎないことを発見した最初のヨーロッパ人となりました。 バルボアの発見をきっかけに、2つの海を結ぶ天然の水路がないか探されるようになった。 1534年、地峡を越える航路が見つからなかったため、神聖ローマ皇帝カレル5世は運河建設のための調査を命じましたが、調査員は結局、船による運河建設は不可能と判断しました。
運河建設の失敗に関連して、スエズ運河とエッフェル塔の建設者たちが有罪になりました。
その後、数世紀に渡り、各国はパナマの運河開発を検討しましたが、1880年代までは本格的に試みられることはなかったのです。 1881年、エジプトのスエズ運河を開発した外交官であったフェルディナン・ド・レセップスが率いるフランスの会社が、パナマ運河の掘削を開始した。 しかし、このプロジェクトは、計画の甘さ、技術的な問題、熱帯病で何千人もの労働者が犠牲になるなどの問題をはらんでいた。 レセップスは、スエズ運河のように閘門のない海面下の運河を建設するつもりだったが、掘削作業は予想以上に困難であることが判明した。 そこで、パリの塔を設計したギュスターヴ・エッフェルに閘門の製作を依頼したが、1889年、エッフェルが率いる会社は倒産してしまった。 当時、運河建設には2億6000万ドル以上が投じられ、7000万立方メートルの土が掘削された。 ド・レセップスとその息子シャルル、エッフェル、その他数名の会社幹部が詐欺と不始末の罪で起訴されたのである。 1893年、彼らは有罪となり、懲役刑と罰金刑を言い渡されたが、判決は覆された。 エッフェルはこのスキャンダルの後、実業界から身を引き、科学研究に専念するようになった。1894年、フェルディナン・ド・レセップスが亡くなった。 同年、破産した事業の資産を引き継ぎ、運河建設を継続するために新たなフランス企業が設立されましたが、この第二企業もすぐにその計画を断念しました。 しかし、フランスの両運河計画に携わったフランス人技師ブノー・ヴァリラの尽力により、その見方は一変する。 1890年代後半、ブノー・ヴァリラはパナマにあるフランスの運河資産を購入するようアメリカの議員に働きかけ始め、最終的にはニカラグアに危険な火山があり、パナマがより安全であることを多くの議員に納得させることができた。 しかし翌年、当時パナマが属していたコロンビアが、アメリカによる運河建設を許可する協定の批准を拒否すると、ブナウ＝ヴァリヤの奨励とセオドア・ルーズベルト大統領の黙認を得て、パナマ人はコロンビアに反乱を起こし、パナマの独立を宣言しました。 その後まもなく、アメリカの国務長官ジョン・ヘイと、パナマ臨時政府を代表するブナウ＝ヴァリラは、ヘイ＝ブナウ＝ヴァリラ条約を交渉し、アメリカが運河を建設できる500平方マイル以上の区域の権利を与え、運河区域はアメリカによって永久に支配されることになった。 その中には、1903年の条約の条件としてパナマに支払った1000万ドルと、フランスの資産を購入するための4000万ドルが含まれています。
米国がパナマ運河を完成させてから100年が経ちましたが、ニカラグアを横断する航行の可能性はまだ残っています。 2013年、中国企業がニカラグア政府と400億ドルの契約を結び、そのような水路の建設権を獲得したと発表しました。
運河建設では、2万5000人以上の労働者が死亡しました。 1904年から1913年にかけて、約5,600人の労働者が病気や事故で亡くなっています。
初期の死因の多くは黄熱病やマラリアで、当時の医学界では空気の悪さや汚れのために起こる病気と考えられていました。 しかし、20世紀初頭には、蚊がこれらの病気の媒介者であることを医学者がよく理解するようになり、水が溜まっている場所の排水、虫の温床となりうる場所の除去、建物の窓ガラスの設置などの衛生対策により、運河で働く人々の死亡数を大幅に減少させることができました。
アメリカ船が最も多く、次いで中国、チリ、日本、コロンビア、韓国からの船です。 運河を通過するすべての船舶は、その大きさと貨物量に応じた通行料を支払わなければなりません。 最も大きな船舶の通行料は約45万ドルにもなる。 最も小さい通行料は、1928年にアメリカの冒険家リチャード・ハリバートンが支払った36セントである。 今日、年間約18億ドルの通行料が徴収されています。
平均して、船が運河を通過するのに8～10時間かかると言われています。 運河を通過する間、閘門のシステムによって各船は海面から85フィート（約1.5メートル）上がる。 船長が単独で運河を通過することは許されず、特別な訓練を受けた水先人が船の航行をコントロールし、運河を案内する。
アメリカは1999年に運河の管理をパナマに移しました。
運河の開通後、アメリカとパナマは運河と周辺の運河地帯の管理について緊張を高めました。 1964年、パナマ人は運河地帯でアメリカ国旗の隣に自国の国旗を掲げることを阻止され、暴動を起こしました。 この暴動の余波で、パナマは一時的に米国との国交を断絶しました。 1977年、ジミー・カーター大統領とパナマのオマール・トリホス将軍は、1999年に運河の支配権をパナマに移譲する条約に署名しましたが、米国は運河の中立性を脅かすものに対して軍事力を行使して防衛する権利を付与されたのです。 自国が運河に対する権限を手放すことを望まない多くの政治家の反対にもかかわらず、米国上院は1978年に僅差でトリホス・カーター条約を批准した。
運河は、今日の巨大船に対応するために拡張されています。
2007年に、ポストパナマックス船、つまり、幅110フィート、長さ1000フィートの閘門を通過できるように作られたいわゆるパナマックス船を超えるサイズの船に対応できるように、52億5000万ドルの拡張プロジェクトが開始されました。 また、20フィートコンテナを積載する貨物船は、現在の約3倍となる14,000隻に拡大される予定です。 2015年末に完成予定のこの拡張プロジェクトには、より大きな閘門の新設と既存の航路の拡張・深掘りが含まれています。 しかし、新しい閘門は多くの近代的な船に対応できるようになる一方で、マースクのトリプルEクラス（幅194フィート、長さ1312フィート、20フィートコンテナ18000個収容の世界最大のコンテナ船）など、一部の船にはまだ十分な大きさではありません
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