En 1920, le Jones Act exigeait que les navires battant pavillon américain soient construits aux États-Unis, détenus par des citoyens américains et documentés selon les lois des États-Unis. Toutes les marchandises entrant ou sortant de l’Alaska devaient être transportées par des transporteurs américains et expédiées à Seattle avant toute autre expédition, ce qui rendait l’Alaska dépendant de l’État de Washington. La Cour suprême des États-Unis a jugé que la disposition de la Constitution stipulant qu’un État ne devait pas avoir d’emprise sur le commerce d’un autre ne s’appliquait pas, car l’Alaska n’était qu’un territoire. Les prix pratiqués par les entreprises de transport maritime de Seattle ont commencé à augmenter pour profiter de la situation.
La Grande Dépression a fait chuter les prix du poisson et du cuivre, qui étaient alors vitaux pour l’économie de l’Alaska. Les salaires ont baissé et la main-d’œuvre a diminué de plus de la moitié. En 1935, le président Franklin D. Roosevelt a pensé que les Américains des régions agricoles pourraient être transférés dans la vallée de Matanuska-Susitna en Alaska pour une nouvelle chance d’autosuffisance agricole. Les colons provenaient en grande partie d’États du Nord, tels que le Michigan, le Wisconsin et le Minnesota, et l’on pensait que seuls ceux qui avaient grandi dans des climats similaires à celui de l’Alaska pourraient y mener une vie de colons. L’association d’amélioration du Congo uni a demandé au président d’installer 400 fermiers afro-américains en Alaska, disant que le territoire offrirait les pleins droits politiques, mais le préjugé racial et la croyance que seulement ceux des états nordiques feraient des colons appropriés ont causé la proposition pour échouer.
L’exploration et la colonisation de l’Alaska n’auraient pas été possibles sans le développement des avions, qui ont permis l’afflux des colons dans l’intérieur de l’état, et le transport rapide des personnes et des approvisionnements partout. Cependant, en raison des conditions météorologiques défavorables de l’État et du rapport élevé entre le nombre de pilotes et la population, plus de 1 700 sites d’épaves d’avions sont dispersés sur l’ensemble du territoire. De nombreuses épaves trouvent également leur origine dans le renforcement militaire de l’État pendant la Seconde Guerre mondiale et la Guerre froide.
L’importance stratégique de l’Alaska pour les États-Unis est devenue plus évidente pendant la Seconde Guerre mondiale. En avril 1942, plus de 200 personnes d’origine japonaise du territoire ont été déplacées de force et envoyées dans des camps d’internement à l’intérieur des terres à la suite de l’Executive Order 9066, qui autorisait le gouvernement à expulser et à interner toute personne d’origine japonaise de la côte Pacifique. De juin 1942 à août 1943, les Japonais ont envahi les États-Unis en passant par la chaîne des îles Aléoutiennes, lors de la bataille des îles Aléoutiennes. C’était la première fois depuis la guerre de 1812 que le sol américain était occupé par un ennemi étranger. Les Japonais ont finalement été repoussés des îles Aléoutiennes par une force de 34 000 soldats américains.
Au printemps et à l’été 1945, Cold Bay, sur la péninsule de l’Alaska, a été le site du plus grand et du plus ambitieux programme de transfert de la Seconde Guerre mondiale, le projet Hula, dans le cadre duquel les États-Unis ont transféré 149 navires et embarcations à l’Union soviétique et formé 12 000 membres du personnel soviétique à leur fonctionnement en prévision de l’entrée en guerre de l’Union soviétique contre le Japon. À tout moment, environ 1 500 membres du personnel américain se trouvaient à Cold Bay et à Fort Randall pendant le projet Hula.